【问题标题】:how to subset a matrix randomly from a large matrix in Julia如何从Julia中的大矩阵中随机子集矩阵
【发布时间】:2021-04-25 02:16:00
【问题描述】:

我有一个大矩阵(28960×45807 Array{Float64,2}),其中行代表个体,列代表 snpID。现在我想得到一个子集矩阵(28960x4580),从大矩阵中随机选择 snps。 我如何在 Julia 中做到这一点?

【问题讨论】:

    标签: julia ijulia-notebook


    【解决方案1】:

    假设你的矩阵是x:

    using StatsBase
    @view x[:, sample(1:size(x,2), 4580, replace=false, ordered=true)]
    

    解释:

    • 使用@view 可避免数据复制。可以在此命令中跳过它,但会降低性能
    • 冒号:选择所有行的数据,数组切片的第二个参数用于选择一堆列
    • size(x,2) 返回列数
    • 我们使用StatsBase 中的sample 对列号进行抽样而不进行替换。此外,我假设您不想更改列的顺序

    【讨论】:

    • 你能解释一下这个命令吗?以及你为什么不使用(兰德)?
    • 你去 - 在这里
    • 谢谢您,非常感谢您的帮助
    • 也许是axes(x, 2) 而不是1:size(x, 2)
    • @DNF 同意看起来稍微好一点 :-)
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