如何使用 macports 安装 HDF5、openMPI .mod 文件？答案

【问题标题】：How do I install HDF5, openMPI .mod files with macports?如何使用 macports 安装 HDF5、openMPI .mod 文件？
【发布时间】：2019-10-07 02:25:11
【问题描述】：

我已经在我的 Mac（Mojave 10.14.4，带有最新的 Xcode 和 macports）上安装了 HDF5 和 openmpi-mp（也是 openmpi-devel-mp）和 macports，以便编译需要它们的 Fortran90 程序。但是，编译失败，错误提示我找不到 use 语句请求的 mpi.mod 或 hdf5.mod。为了获得所有这些模块，我还需要安装或做什么？路径似乎不是问题，因为我确实在 /opt/local/include/ 中看到了类似 hdf5.h 的文件，我已将其指定为路径。

【问题讨论】：

模组文件应该在同一个目录下。他们是吗？如何设置模块包含路径？
不，该目录中根本没有 .mod 文件。我将标志 -I/opt/local/include 与编译器 (mpif90) 一起使用。事实上，在 /opt/local 中的任何地方都没有 hdf5.mod。
看起来你的安装有些奇怪，那么。我的 hdf5 安装目录在 path/include 中有 .h 和 .mod 文件。

标签： fortran hdf5 macports openmpi

【解决方案1】：

对于 HDF5 和 MPI，您需要使用单一构建环境编译这两个库（C 和 Fortran 的编译器套件相同）。您需要先构建 MPI（可能使用来自 macports 的那个）。然后，构建 HDF5参考 OpenMPI 安装。

从 HDF5 构建的版本将包含包装好的 h5pfc（h5 用于 HDF5，p 用于并行，fc 用于 Fortran 编译器）。您应该使用h5pfc -show 来查看所有标志。

【讨论】：

这个问题似乎并不表明需要并行 HDF5。
openmpi-* 包装器的使用，mpi.mod 的提及，以及 openmpi 标签让我认为它是。我会等待发帖者的消息，看看我是否需要编辑或删除我的答案。
它确实适用于并行程序。为了避免openMPI的问题，我暂时切换到mpich-mp（由于某种原因，那个包确实提供了一个mpi.mod）并从macports重新安装了HDF5，但仍然没有.mod。也没有h5pfc 编译器，尽管有h5cc 和h5c++。有人知道任何 Fortran 附加组件吗？我在 Macports 上找不到任何类似的东西。
如果h5pcc 不存在，则表示HDF5 是在没有并行支持的情况下编译的。非并行 Fortran 包装器是 h5fc。这些组合是“带/不带 Fortran”、“带/不带 MPI”和其他变体（C++、Fortran 2003 接口、压缩库等）。解决方案是构建 HDF5。在构建 HDF5 之前发出 export CC=mpicc 和 export FC=mpif90（或系统上的相应名称）。
好的，有了这些标志，它确实生成了 .mod 文件。