具有 h5py 的复合数据类型：属性内的数据类型答案

【问题标题】：Compound datatypes with h5py: datatype inside an attribute具有 h5py 的复合数据类型：属性内的数据类型
【发布时间】：2011-08-23 14:42:11
【问题描述】：

我将Silo 与 HDF5 一起使用，但在使用 h5py 访问某些元数据时遇到问题。它会吐出一些相当不寻常的 HDF5 结构，将DATATYPE 放入DATATYPE 中。这是h5dump的输出摘录：

DATATYPE "sigma_t" H5T_STD_I32LE;
   ATTRIBUTE "silo" {
      DATATYPE  H5T_COMPOUND {
         H5T_STRING {
            STRSIZE 5;
            STRPAD H5T_STR_NULLTERM;
            CSET H5T_CSET_ASCII;
            CTYPE H5T_C_S1;
         } "meshid";
         H5T_STRING {
            STRSIZE 15;
            STRPAD H5T_STR_NULLTERM;
            CSET H5T_CSET_ASCII;
            CTYPE H5T_C_S1;
         } "value0";
         H5T_STD_I32LE "ndims";
         H5T_STD_I32LE "nvals";
         H5T_STD_I32LE "nels";
         H5T_IEEE_F32LE "time";
         H5T_STD_I32LE "use_specmf";
         H5T_STD_I32LE "centering";
         H5T_ARRAY { [3] H5T_STD_I32LE } "dims";
         H5T_ARRAY { [3] H5T_STD_I32LE } "zones";
         H5T_ARRAY { [3] H5T_STD_I32LE } "min_index";
         H5T_ARRAY { [3] H5T_STD_I32LE } "max_index";
         H5T_ARRAY { [3] H5T_IEEE_F32LE } "align";
      }
      DATASPACE  SCALAR
      DATA {
      (0): {
            "mesh",
            "/.silo/#000004",
            2,
            1,
            100,
            0,
            -1000,
            111,
            [ 10, 10, 0 ],
            [ 9, 9, 0 ],
            [ 0, 0, 0 ],
            [ 9, 9, 0 ],
            [ 0.5, 0.5, 0 ]
         }
      }
   }
   ATTRIBUTE "silo_type" {
      DATATYPE  H5T_STD_I32LE
      DATASPACE  SCALAR
      DATA {
      (0): 501
      }
   }

基本上，f['sigma_t'].attrs['silo'] 返回一个tuple，其中包含所有格式正确的数据，但没有任何数据类型的关联标签。（我需要知道名称meshid、value0 等）有没有办法得到这个？我很茫然。

示例文件和脚本

HDF5 file包含“sigma_t”字段，实际数据存放在/.silo/#000004中。

脚本：

import h5py
f = h5py.File('xsn.silo', 'r')
print f['sigma_t'].attrs['silo']

结果：

('mesh', '/.silo/#000004', 2, 1, 100, 0.0, -1000, 111, array([10, 10,  0], dtype=int32), array([9, 9, 0], dtype=int32), array([0, 0, 0], dtype=int32), array([9, 9, 0], dtype=int32), array([ 0.5,  0.5,  0. ], dtype=float32))

我还想要的是这样的：

('meshid','value0','ndims', ..., 'align')

这可能吗？

【问题讨论】：

有什么方法可以指向示例文件？
快速查看，复合 dtype 似乎不能很好地转换为 h5py，并且标签确实丢失了。虽然保留了排序，但您绝对可以使用元组的索引定义一个字典并按名称访问它们。可能也值得研究 h5py.h5t，因为这是处理此类 dtypes 的模块。
@diliop 这是h5py中的一个bug，看我的回答和google group page的链接。

标签： python hdf5 h5py silo

【解决方案1】：

我通过the h5py Google groups page 得到了开发者的答复：这是一个错误，将在 h5py 1.4 中修复。

我最终做的是：

import h5py
f = h5py.File('xsn.silo', 'r')
group = f['sigma_t']
attr_id = h5py.h5a.open(group.id, 'silo')
data = dict(zip(attr_id.dtype.names, group.attrs['silo'],))

【讨论】：

【解决方案2】：

感谢您回答赛斯！你的回答帮助了我，但这可能会让它更容易一点

    #path of table that you want to look at              
    group = f[path]                    
         #checking attributes leads to FIELD_0_NAME or TITLE
         for attribute in group.attrs:
            #I only one the ones that end with name
            if attribute.endswith('NAME'):
                #then I take the actual name (ex:TrialTime) instead of FIELD_0_NAME
                print group.attrs[attribute]

【讨论】：