我可以在 Cython 中静态键入 h5file 数组吗？

Question

我开发了一个库，该库在低级别使用 Cython 来解决跨 2D 阵列的流动问题。如果这些数组是 numpy 数组，我可以静态键入它们，从而避免 Python 解释器对这些数组进行随机访问的开销。为了处理大到无法放入内存的数组，我计划使用 pytables 中的 hd5file 数组代替 numpy，但我不知道是否可以静态键入 CArray。

是否可以在 Cython 中静态键入 hd5file CArrays 以避免在随机访问这些数组时产生 Python 解释器开销？

Answer 1

如果你使用h5py 包，你可以在它提供给你的数据集上使用numpy.asarray()，那么你就有一个更熟悉的 NumPy 数组，你已经知道如何处理了。

请注意，直到几年前，h5py 还存在一个与此相关的错误，这导致在执行asarray() 时性能非常缓慢，但问题已得到解决，因此请不要使用非常旧的版本。试试这个。