从 HDF5 文件中读取单个元素答案

【问题标题】：Reading a single element from HDF5 file从 HDF5 文件中读取单个元素
【发布时间】：2017-06-26 08:03:34
【问题描述】：

您能否提供一个使用 HDF5DotNet 库从 HDF5 文件中读取单个元素的示例。我知道如何将整个数组读入内存并按索引选择必要的元素。我不想读取完整数组并想使用 H5S.selectElements 方法（http://hdf5.net/api/M_HDF5DotNet_H5S_selectElements_4_9e6f2387.aspx）的问题。
到目前为止，我已经创建了以下内容：

H5.Open();
H5FileId fileId = H5F.open(this.filePath, H5F.OpenMode.ACC_RDONLY);
var dSet = H5D.open(fileId, "/Link");
var dSpace = H5D.getSpace(dSet);
var dDims = H5S.getSimpleExtentDims(dSpace);
var dType = H5D.getType(dSet);

H5S.selectElements(dSpace, H5S.SelectOperator.SET, InpPtr numElements,long [] coord);

我不知道如何定义元素的 numElements 参数和坐标（我有 3 维数组）。

【问题讨论】：

标签： c# hdf5

【解决方案1】：

使用HDF5 support doc

假设您的数据集如下：（为简单说明参数如何工作的二维）

1 2 3
4 5 6
7 8 9

而您想选择 6 并且只选择 6。这意味着您希望一个元素位于第二行和第三列。（一个索引）。

这意味着您将需要选择数组中的 1 x 2 点数组。（零索引）。

1 2

如果您还想选择 7，那么选择数组将如下所示。（零索引）。

1 2 2 0

相关的调用是：

H5S.selectElements(dSpace, H5S.SelectOperator.SET, 1, new long [] { 1, 2, 0 });
H5S.selectElements(dSpace, H5S.SelectOperator.SET, 2, new long [] { 1, 2, 0, 1, 2, 1 });

注意：我没用过HDF5，根据文档描述调用，所以可能会有错误。

【讨论】：

感谢您的回答。
我的荣幸。此外，您可能需要注意您使用的方法的优缺点。

【解决方案2】：

在C#中使用HDFql，读取一个三维数据集的一个特定元素可以如下完成（假设数据集被称为my_dataset并且要读取的元素在第一个位置的2、3和5 ，分别为第二和第三维）：

HDFql.Execute("SELECT FROM my_dataset(2, 3, 5)");

从那里，您可以通过执行以下操作来检索元素（假设 my_dataset 的数据类型为整数）：

HDFql.CursorFirst();
System.Console.WriteLine("Element is " + HDFql.CursorGetInt());

【讨论】：

【解决方案3】：

我找到了另一种解决问题的方法 - 使用 H5S.selectHyperslab 方法。也许它不是那么优雅，但它似乎工作正常。

H5.Open();
H5FileId fileId = H5F.open(this.filePath, H5F.OpenMode.ACC_RDONLY);
var dSet = H5D.open(fileId, "/Link");
var dSpace = H5D.getSpace(dSet);
var dDims = H5S.getSimpleExtentDims(dSpace);
var dType = H5D.getType(dSet);
//E.g. to extract the value with coordinates [0,1,0]:
H5DataSpaceId memspaceid = H5S.create_simple(1, new long[] { 1, 1, 1 });
H5S.selectHyperslab(memspaceid, H5S.SelectOperator.SET, new long[] { 0, 1, 0 }, new long[] { 1, 1, 1 });
H5S.selectHyperslab(dSpace, H5S.SelectOperator.SET, new long[] { 0, 1, 0 }, new long[] { 1, 1, 1 });

//array to read data
double[] readDataBank = new double[1];
H5DataTypeId typeId = new H5DataTypeId(H5T.H5Type.NATIVE_DOUBLE);
H5D.read(dSet, dType, memspaceid, dSpace,new H5PropertyListId(new H5P.Template()), new H5Array<double>(readDataBank));

【讨论】：