从 hdf 文件生成热图

Question

我想从 hdf5 文件中生成热图，其中强度是二维矩阵，x_range 和 z_range 是轴的范围。

import h5py
import numpy as np
import pandas as pd
import seaborn as sb
import matplotlib as plt

#Data Aquisition
file = h5py.File('scan.h5', 'r')

intensity = file.get('intensity')
intensity = np.array(intensity)

x_range = file.get('x range')
x_range = np.array(x_range)

z_range = file.get('z range')
z_range = np.array(z_range)

现在我尝试通过以下方式使用 pandas 创建数据透视表：

#Pivot Table
df = pd.DataFrame({'intensity': intensity, 'x_range': x_range, 'z_range': z_range})
result= df.pivot(index= 'z_range', columns= 'x_range', values= 'intensity')

这里出现的问题是强度必须是一维的，而强度是一个矩阵。 绘图由以下人员完成：

#Ploting
heat_map = sb.heatmap(result, cmap="Spectral_r", cbar_kws={'label': 'Countrate [arb. units]'})
plt.xlabel("x direction [µm]")
plt.ylabel("z direction [µm]")
plt.show()

此外，我希望原点位于热图的左下角。

Answer 1

您可以尝试像这样使用数据框来绘制它：

from matplotlib import pyplot as plt
import seaborn as sns
sns.heatmap(df)
plt.show()