将 hdf5 转换为 netcdf 并重命名尺寸答案

【问题标题】：Convert hdf5 to netcdf and rename dimensions将 hdf5 转换为 netcdf 并重命名尺寸
【发布时间】：2020-10-30 09:02:40
【问题描述】：

我有一组具有以下标头的 HDF5 文件：

netcdf control-A-2017-05-12-090000-g1 {
dimensions:
        phony_dim_0 = 16 ;
        phony_dim_1 = 16 ;
        phony_dim_2 = 200 ;
        phony_dim_3 = 2 ;
        phony_dim_4 = 1 ;
        phony_dim_5 = 4 ;
variables:
        ...

因为它是 HDF5，所以维度被创建为phony_dim_x。在这种情况下，phony_dim_0 和 phony_dim_1 分别是 y 和 x 坐标。我想适当地重命名尺寸。由于在 HDF5 中重命名维度是不可能的（因为它们在技术上不存在），我需要先转换为 netcdf。为此，我使用ncks in.h5 out.nc。

但是，转换后的文件头信息是：

netcdf control-A-2017-05-12-090500-g1 {
dimensions:
        phony_dim_0 = 16 ;
        phony_dim_1 = 200 ;
        phony_dim_2 = 2 ;
        phony_dim_3 = 1 ;
        phony_dim_4 = 4 ;
variables:
        ...

这是重要的部分：两个 phony_dim_[0,1] 维度已合并为一个维度 phony_dim_0。我认为这是因为它们具有相同的值，因此 netcdf 转换假定它们是相同的。

在 hdf5 文件中列出的变量 ACCPA(phony_dim_0, phony_dim_1) ; 现在是 ACCPA(phony_dim_0, phony_dim_0) ;，有两个相同的维度。

因此，我无法单独重命名尺寸。如果我做ncrename -d phony_dim_0,y out.nc，我会得到ACCPA(y, y) ;

谁能指出我正确的方向来解决这个问题？

【问题讨论】：

标签： hdf5 netcdf netcdf4

【解决方案1】：

问题最终出在ncks 上。使用ncks 转换文件导致重复维度（例如ACCPA(phony_dim_0, phony_dim_0) ;）

改用nccopy，转换后的netCDF文件不会产生重复维度（ACCPA(phony_dim_0, phony_dim_1) ;）

【讨论】：