使用 Python 执行外部命令和交换变量

Question

1。简介

我有一堆 netcdf 格式的文件。 每个文件都包含不同时期某地的气象状况（每小时数据）。
我需要为每个文件提取前 12 小时的数据。所以我选择使用NCO(netcdf operator)来处理。

NCO 适用于终端环境。使用>ncks -d Time 0,11 input.nc output.nc，我可以获得一个名为out.nc的数据文件，其中包含in.nc的前12小时数据。

2。我的尝试

我想将所有进程保存在我的 ipython 笔记本中。但我坚持两个方面。

1. 如何在python循环中执行终端代码

2. 如何将python中的字符串转入终端代码。

例如，这是我的假代码。

files = os.listdir('.')
for file in files:
    filename,extname = os.path.splitext(file)
    if extname == '.nc':   
        output = filename + "_0-12_" + extname
        ## The code below was my attempt
        !ncks -d Time 0,11 file output` 

3。结论

基本上，我的目标是让假代码!ncks -d Time 0,11 file output 成真。这意味着：

1. 直接在python循环中执行netcdf运算符...
2. ...使用filename，这是python环境中的一个字符串。

抱歉我的问题不清楚。任何建议将不胜感激！

Answer 1

您还可以查看pynco，它用子进程调用包装了 NCO，类似于@falsetru 的答案。您的应用程序可能类似于

nco = Nco()
for fn in glob.iglob('*.nc'):
    filename, extname = os.path.splitext(fn)
    output_fn = filename + "_0-12_" + extname
    nco.ncks(input=filename, output=output_fn, dimension='Time 0,11')

Answer 2

您可以使用subprocess.check_output执行外部程序：

import glob
import subprocess

for fn in glob.iglob('*.nc'):
    filename, extname = os.path.splitext(fn)
    output_fn = filename + "_0-12_" + extname
    output = subprocess.call(['ncks', '-d', 'Time', '0,11', fn, output_fn])
    print(output)

注意：更新代码以使用glob.iglob；你不需要手动检查扩展。