如何使用目录路径作为 HDF5 组的名称？答案

【问题标题】：How can I use directory paths as names for HDF5 groups?如何使用目录路径作为 HDF5 组的名称？
【发布时间】：2019-11-29 14:48:03
【问题描述】：

我正在尝试创建一个函数，它：
打开一个目录
读取所有文件
执行一些计算
将结果写入 HDF5 文件

问题：
对于每个目录，我想创建一个 HDF5 组。然而，

with h5py.File(/home/usr/example/myFile.h5) as h5:
    dir_i_am currently_reading = '/home/usr/files/'
    group = h5.create_group(dir_i_am currently_reading)

没有按预期工作。我希望组名是 dir_path。我怎样才能做到这一点？

【问题讨论】：

问题是目录名分隔符（/）也用作HDF5组名分隔符。所以你的目录路径：/home/usr/files/ 看起来像一个带有子组的组，就像 h5py 命名法中的这样：h5['home']['usr']['files']。那是你要的吗？如果不是，您将不得不将 / 替换为另一个字符（例如 _）以创建为 h5.create_group('_home_usr_files')。

标签： python hdf5

【解决方案1】：

如果HDFql 是您的选择，您的问题可以在 Python 中按如下方式解决：

import HDFql

dir_i_am_currently_reading = "/home/usr/files"

HDFql.execute("CREATE GROUP /home/usr/example/myFile.h5 %s" % dir_i_am_currently_reading)

有关如何使用 HDFql 创建组的其他示例可以在 quick start guide 和 reference manual 中找到。

【讨论】：