附加到 h5py 组

Question

我有以下结构的文件：

• 时间1
• 索引 1
• 值 x
• 值 y
• 时间1
• 索引 2
• 值 x
• 值 y
• 时间 2
• 索引 1
• ...

我希望使用 h5py 将文件转换为 hdf5 格式，并将每个索引中的值排序到单独的组中。

我的方法是

f = h5py.File(filename1,'a')
trajfile = open(filename2, 'rb')

    for i in range(length_of_filw):
        time = struct.unpack('>d', filename2.read(8))[0]
        index = struct.unpack('>i', filename2.read(4))[0]       
        x = struct.unpack('>d', filename2.read(8))[0]
        y = struct.unpack('>d', filename2.read(8))[0]

        f.create_dataset('/'+str(index), data=[time,x,y,z])

但是通过这种方式，我无法附加到组（我只能向每个组写入一次......）。错误信息是“RuntimeError: Unable to create link (name already exists)”。

有没有办法追加到组中？

Answer 1

您可以根据需要多次写入数据集 - 您不能拥有两次同名数据集。这是你得到的错误。请注意，您正在创建一个数据集，同时您将一些数据放入其中。为了向它写入其他数据，它必须足够大以容纳它。

无论如何，我相信您混淆了组和数据集。 组是使用例如创建的

grp = f.create_group('bar') # this create the group '/bar'

并且您想将数据集存储在数据集中，如您所说的那样创建：

dst = f.create_dataset('foo',shape=(100,)) # this create the dataset 'foo', with enough space for 100 elements.

您只需要创建一次组和数据集 - 但您可以通过它们的句柄（grp 和 dst）引用它们，以便写入它们。

我建议您先浏览一次文件，使用“shape”参数创建所需的组和数据集以适当调整大小，然后使用实际数据填充数据集。