让 HDF5 与 pyTables 一起工作的问题答案

【问题标题】：Problems getting HDF5 to work with pyTables让 HDF5 与 pyTables 一起工作的问题
【发布时间】：2012-12-11 01:14:15
【问题描述】：

我一直在努力尝试在 OSX 10.8 上设置 pyTables。我正在运行 Enthought python 发行版，使用 PIP 安装了 pyTables 和 numexpr，并使用 Homebrew 安装了 HDF5 包。

但是，当我尝试在 python 中导入表时，出现以下错误：

In [7]: import tables
---------------------------------------------------------------------------
ImportError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-7-389ecae14f10> in <module>()
----> 1 import tables

/Users/MYNAME/src/tables/tables/__init__.py in <module>()
     28 
     29 # Necessary imports to get versions stored on the Pyrex extension
---> 30 from tables.utilsExtension import getPyTablesVersion, getHDF5Version
     31 
     32 

ImportError: dlopen(/Users/MYNAME/src/tables/tables/utilsExtension.so, 2): Symbol not         found: _H5E_CALLBACK_g
  Referenced from: /Users/MYNAME/src/tables/tables/utilsExtension.so
  Expected in: flat namespace
 in /Users/MYNAME/src/tables/tables/utilsExtension.so

我尝试过使用我的路径变量，因为我认为可能是自制目录被覆盖或其他原因，但情况似乎并非如此。有什么想法吗？

【问题讨论】：

您安装了哪个 HDF5 版本？

标签： python macos homebrew hdf5 pytables

【解决方案1】：

我遇到了同样的问题。我下载了tra hdf5 1.8.4版本，从源码安装，然后下载了pytables 2.4的源码版本，不是3.0.0，使用命令安装： “sudo python setup.py install --hdf5=download_folder/hdf5-1.8.4/hdf5” 其中 download_folder 是您下载 hdf5 源的文件夹。神奇的是安装 pytables 2.4，而不是 3.0。

【讨论】：