hdf5 'Unable to open object (bad object header version number)' 错误处理答案

【问题标题】：hdf5 'Unable to open object (bad object header version number)' error handlinghdf5 'Unable to open object (bad object header version number)' 错误处理
【发布时间】：2021-12-27 17:42:18
【问题描述】：

我正在从一个显然有问题的 h5 文件中读取数据。它由数百个循环组成（每个循环有 30 个成员），其中一个循环（#100）是空的（组存在但不包含组成员）。

当迭代循环时，到达循环的那一刻我得到一个“无法打开对象（错误的对象标头版本号）” 当达到这个周期时，如何防止我的脚本停止？

我尝试提前检查每个组是否确实有成员，以便从迭代中排除空循环，但我得到了一个 runtimeError 已经尝试这样做：

g = h5py.File('file.h5', 'r')
g['cycle_100']
*** RuntimeError: Can't determine # of objects (bad symbol table node signature)

寻找解决方案我 found 只能处理异常而不是错误 - 除了在错误发生后手动排除此循环并再次运行脚本之外，我无能为力吗？这很容易，但每当我收到错误的文件时，我都必须再做一次。

任何我应该搜索的指针将不胜感激我是初学者。

【问题讨论】：

标签： python runtime-error hdf5

【解决方案1】：

需要明确的是，访问没有数据集（'members'）的组（'cycles'）不会导致错误。错误消息 (bad symbol table node signature) 听起来像是文件中的某些内容已损坏。这些类型的错误很难重现，因此没有文件很难诊断。也就是说，这里有一些想法可以尝试。

首先，当你运行这个 Python/h5py 代码时会发生什么：

with h5py.File('file.h5', 'r') as g:
    print(len(g['cycle_1'].keys())) # get number of datasets for a "good" group
    print(len(g['cycle_100'].keys())) # get number of datasets for the "bad" group

我预计您会在 g['cycle_100'] 上遇到类似的错误，但值得一试。

您可以使用 HDF5 实用程序 h5ls 和 h5dump 检查您的文件。我认为它们是通过 h5py 交付的。我在 Python 的 Library\bin 文件夹中找到了它们。（如果没有，您将需要安装 HDF5 来获取它们。）您在命令行上运行这些命令（而不是作为 Python 代码）。

使用h5ls 命令获取所有组和数据集的列表名称和形状，像这样：h5ls -r file.h5
使用h5dump 命令列出所有组和数据集的标头信息，如下所示：h5dump -H file.h5。
这两个命令都有您可能想要调查的其他选项。输入不带任何参数的命令名称以获得“帮助”输出。

两个实用程序的简单文件输出示例如下所示。 group1 组有 5 个数据集，group2 没有数据集。

E:[.\StackOverflow]->h5ls -r file.h5
/                        Group
/group1                  Group
/group1/dset_01          Dataset {1, 100, 20, 20}
/group1/dset_02          Dataset {1, 100, 20, 20}
/group1/dset_03          Dataset {1, 100, 20, 20}
/group1/dset_04          Dataset {1, 100, 20, 20}
/group1/dset_05          Dataset {1, 100, 20, 20}
/group2                  Group

E:[.\StackOverflow]->h5dump -H file.h5
HDF5 "file.h5" {
GROUP "/" {
   GROUP "group1" {
      DATASET "dset_01" {
         DATATYPE  H5T_IEEE_F64LE
         DATASPACE  SIMPLE { ( 1, 100, 20, 20 ) / ( 1, 100, 20, 20 ) }
      }
      DATASET "dset_02" {
         DATATYPE  H5T_IEEE_F64LE
         DATASPACE  SIMPLE { ( 1, 100, 20, 20 ) / ( 1, 100, 20, 20 ) }
      }
      DATASET "dset_03" {
         DATATYPE  H5T_IEEE_F64LE
         DATASPACE  SIMPLE { ( 1, 100, 20, 20 ) / ( 1, 100, 20, 20 ) }
      }
      DATASET "dset_04" {
         DATATYPE  H5T_IEEE_F64LE
         DATASPACE  SIMPLE { ( 1, 100, 20, 20 ) / ( 1, 100, 20, 20 ) }
      }
      DATASET "dset_05" {
         DATATYPE  H5T_IEEE_F64LE
         DATASPACE  SIMPLE { ( 1, 100, 20, 20 ) / ( 1, 100, 20, 20 ) }
      }    
   }
   GROUP "group2" {
   }
}
}

E:[.\StackOverflow]->

【讨论】：