使用 pytables 或 pandas 删除表或节点后释放 hdf5 磁盘内存

【问题标题】：Release hdf5 disk memory after table or node removal with pytables or pandas使用 pytables 或 pandas 删除表或节点后释放 hdf5 磁盘内存
【发布时间】：2014-02-01 03:17:27
【问题描述】：

我将 HDFStore 与 pandas / pytables 一起使用。

删除表或对象后，hdf5 文件大小不受影响。当额外的对象被添加到存储时，这个空间似乎会被重用，但如果浪费大空间，这可能是一个问题。

我在 pandas 或 pytables API 中没有找到任何可用于恢复 hdf5 内存的命令。

您知道任何改进 hdf5 文件数据管理的机制吗？

【问题讨论】：

标签： python pandas hdf5 pytables

【解决方案1】：

见here

你需要ptrepack它，它会重写文件。

ptrepack --chunkshape=auto --propindexes --complevel=9 --complib=blosc in.h5 out.h5

作为一个例子（这也会压缩文件）。

【讨论】：

有没有办法从 pytables 或 pandas API 调用 ptrepack？
@user3645626，我找不到。我做了 subprocess.call 来发出ptrepack 实用程序： call(["ptrepack", "-o", "--chunkshape=auto", "--propindexes", --complevel=9", "-- complib=blosc",infilename, outfilename])。我很想知道是否有其他方法。