有效地将字符串附加到unix中的每个文件行

【问题标题】：Efficiently append a string to each file line in unix有效地将字符串附加到unix中的每个文件行
【发布时间】：2016-04-11 05:51:48
【问题描述】：

我有一个制表符分隔的文件，我想在每行的每个第一个字段之前附加字符串“chr”，除了作为标题行的第一行（并以“#”字符开头）。

所以例如第二行是：

1       51476   snp_1_51476     T       C       100     PASS

我希望它是：

chr1       51476   snp_1_51476     T       C       100     PASS

对于大约 1000 万行的文件，在 unix 中实现此目的的有效方法是什么？

【问题讨论】：

【解决方案1】：

只需使用awk:

awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}NR>1 {$1="chr"$1}1' file

这会将“chr”附加到除第一行之外的每一行。然后，1 触发每一行的打印。

否则，sed:

sed '2,$s/^/chr/' file

这会将后缀chr 添加到从第二行开始的所有行。添加-i，即sed -i '2,$s/^/chr/' file 将使替换到位。

要对当前目录中的每个文件执行此操作，请说：

for file in *
do
   awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}NR>1 {$1="chr"$1}1' file > tmp_file && mv tmp_file file
done

【讨论】：