HDF5将字符串头写入文件

Question

我正在尝试从 C++ 编写 HDF5 文件。该文件基本上包含以下格式的大型时间序列矩阵

TimeStamp    Property1      Property2

我已经成功写入数据，我创建了一个 dset 并使用了 H5Dwrite 函数。

现在我的问题是如何创建文件头，换句话说，如果我想将以下数组写入文件...

['TimeStamp', 'Property1', 'Property2']

...并将其标记到列以方便以后使用（我打算在 Python 中分析矩阵）。该怎么做？

我尝试使用 H5Dwrite 编写字符串数组但失败了，我猜它想要一致的数据类型，所以它只想要浮点数，这是我的数据的数据类型。然后我读到了这个元数据的东西，但我对如何使用它有点迷茫？任何帮助将不胜感激。

一个相关的附带问题是矩阵的第一行可以是字符串，其他行是否包含双精度数？

Answer 1

清洁溶液

如果您将数据存储为 compound datatype 的一维数组，其中包含成员 TimeStamp、Property1、Property2 等，那么字段名称将存储为元数据，并且应该易于读取蟒蛇。

我认为还有另一个干净的选项，但我只提一下，因为我自己从未使用过它：HDF5's Table Interface。阅读文档，看看您是否愿意使用它。

直接回答您的问题

现在是脏选项：您可以将字符串属性添加到现有数据集。有多种方法可以做到这一点。您可以有一个字符串属性，其中所有字段名称用分号分隔，或者每列一个属性。我不推荐它，因为那会非常不标准。

一个相关的附带问题是矩阵的第一行可以是字符串，其他行是否包含双精度数？

没有。

使用复合数据类型的示例

假设你有一个这样定义的结构：

struct Point { double timestamp, property1, property2; };

和Points的向量：

std::vector<Point> points;

以及数据集dset 和适当的内存和文件数据空间，然后您可以像这样创建复合数据类型：

H5::CompType type(sizeof(DataPoint));
type.insertMember("TimeStamp", HOFFSET(Point, timestamp), H5::PredType::NATIVE_DOUBLE);
type.insertMember("Property1", HOFFSET(Point, property1), H5::PredType::NATIVE_DOUBLE);
type.insertMember("Property2", HOFFSET(Point, property2), H5::PredType::NATIVE_DOUBLE);

并像这样将数据写入文件：

dset.write(&points[0], type, mem_space, file_space);