如何在下拉菜单中填充闪亮应用程序内子目录的 csv 文件。？

Question

可能重复

Cannot populate drop down menu dynamically in R shiny

我有一个小型闪亮应用程序，其中包含一些供用户使用的下拉选项。我在包含 csv 文件的闪亮应用程序中创建了一个子目录，说 data 出现在下拉菜单中。我使用了下面的代码，但我无法访问data 子目录中的文件。

在 ui.r 上：

    filenames <- list.files(pattern="\\.csv") 
   selectInput(inputId="dataset",label= "Choose platform annotation file",filenames)

server.r:

dataInput <- reactive({
    if (grepl("[/\\\\]", input$dataset)) {
      stop("Invalid dataset")
    }
    read.csv(file.path("data", input$dataset))
  })

  output$annotation <- renderDataTable({
    withProgress(message = 'Loading Data . . .', {
      dataInput()

    })
  })

上面的代码允许我访问应用程序内的 csv 文件，就像我的 server.r 和 ui.r 一样，而不是在闪亮应用程序内的单独子目录中。

我也想知道这是访问上述代码数据的正确方法，因为我无法在下面的代码中进一步访问数据。

inputdata <- reactive({ 

    df1 <- data.frame()
    df1 <- dataInput()
    if (is.null(df1))
      return(NULL)
    df1[] <- lapply(df1, as.character)
    df1 <- df1[df1[,3]!='',]
    df1 <- df1[!grepl('[/]', df1$Gene.Title),]
  }) 

我也试过了

    filenames <- list.files(pattern="\\.csv$data") ## data is my folder inside shiny app.

使用 csv 文件访问闪亮应用程序内的data 子目录，但不能这样做。

已编辑：输入文件示例

ID                        Gene Title                      Gene Symbol
1007_s_at   discoidin domain receptor tyrosine kinase 1    DDR1
1053_at     replication factor C (activator 1) 2, 40kDa    7-Mar
117_at      heat shock 70kDa protein 6 (HSP70B')           HSPA6
121_at      paired box 8                                   PAX8
1255_g_at   guanylate cyclase activator 1A (retina)        GUCA1A
1294_at     ubiquitin-like modifier activating enzyme 7    UBA7 
1320_at     protein tyrosine phosphatase, non-receptor     PTPN21
1405_i_at   chemokine (C-C motif) ligand 5                 CCL5/CCL6
1431_at      
1438_at     EPH receptor B3                                EPHB3
1487_at     estrogen-related receptor alpha                ESRRA
1494_f_at   cytochrome P450, family 2                      CYP2A6/CYP2

Answer 1

当您调用list.files时，您需要指定要列出文件的路径，默认路径是当前目录，即您拥有ui.R和server.R文件的目录。

试试：

filenames <- list.files(path="data",pattern="\\.csv")

您可以在ui.R 文件中将此行放在shinyUI(...) 之前。

对于您的代码的第二部分，您似乎想要清理数据，您可以这样做（我将inputdata 更改为clean_data 以使其更清晰）：

clean_data <- reactive({ 
        #get the data 
        df1 <- dataInput()

        if (is.null(df1))
                return(NULL)
        df1[] <- lapply(df1, as.character)

        #looks for lines that have only zero or more blanks or a slash in column 3 and removes them
        df1 <- df1[!grepl("$ *^|/",df1[,3]),]
        df1
}) 

#do what you want with the data, for expample render it as another table
 output$annotation <- renderDataTable({
            withProgress(message = 'Loading Data . . .', {
                  clean_data()

            })
    })

此外，查看您的输入文件示例，您有很多带有逗号的 Gene title，如果您的 csv 文件中的分隔符是逗号，这可能会导致问题。