R：在for循环中附加到数据帧

Question

所以我有这个循环，它会写入多个 csv 文件，每个文件都已附加到运行结果之外。正如您在下面看到的那样，这个特定的循环对来自 gex 的子集的每一行针对 mxy 运行一个统计函数 (zScore)，然后发布每一行的结果，然后移动到 gex 的下一个子集。

我的问题是，有没有一种方法可以在循环中构建一个看起来相同的数据框，而不是将附加结果写入 csv 文件？

感谢您的热心帮助。

gex <- data.frame("sample" =  c("BIX","HEF","TUR","ZOP","VAG"), 
                  "TCGA-F4-6703-01" = runif(5, -1, 1),
                  "TCGA-DM-A28E-01" = runif(5, -1, 1),
                  "TCGA-AY-6197-01" = runif(5, -1, 1),
                  "TCGA-A6-5657-01" = runif(5, -1, 1))
colnames(gex) <- gsub("[.]", "_",colnames(gex))

listx <- c("TCGA_DM_A28E_01","TCGA_A6_5657_01")

mxy <- data.frame("TCGA-AD-6963-01" = runif(5, -1, 1),
                  "TCGA-AA-3663-11" = runif(5, -1, 1),
                  "TCGA-AD-6901-01" = runif(5, -1, 1),
                  "TCGA-AZ-2511-01" = runif(5, -1, 1),
                  "TCGA-A6-A567-01" = runif(5, -1, 1)) 

colnames(mxy) <- gsub("[.]", "_",colnames(mxy))

zScore <- function(x,y)((as.numeric(x) - as.numeric(rowMeans(y,na.rm=T)))/as.numeric(sd(y,na.rm=T)))

   for(i in seq(nrow(mxy))){
      for(colName in listx){
        zvalues <- zScore(gex[i,colName],
                          mxy[i,])
        geneexptest <- data.frame(gex$sample[i], zvalues, row.names = NULL, 
                                  stringsAsFactors = TRUE)
        write.table(geneexptest, file = paste0(colName, "mxyinput", ".csv"),
                    row.names=FALSE, col.names=FALSE,  quote=F,
                    sep = ",", dec = ".", append=(i > 1))
      }
    }

Answer 1

在您发布的代码中，listx 的每个元素都有一个 csv 文件，并且您正在将多行逐行写入每个文件中。相反，您可以为listx 的每个元素创建一个数据框，并通过对write.table 的一次调用将每个元素写出来。

dfs <- lapply(listx, function(colName) {
  do.call(rbind, lapply(seq(nrow(mxy)), function(i) {
    zvalues <- zScore(gex[i,colName], mxy[i,])
    data.frame(gex$sample[i], zvalues, row.names = NULL, stringsAsFactors = TRUE)
  }))
})
dfs
# [[1]]
#   gex.sample.i.    zvalues
# 1           BIX  1.1105593
# 2           HEF  0.5451948
# 3           TUR -1.4060388
# 4           ZOP -1.4218218
# 5           VAG  0.2780513
# 
# [[2]]
#   gex.sample.i.   zvalues
# 1           BIX 2.0607386
# 2           HEF 1.6703912
# 3           TUR 1.3249181
# 4           ZOP 0.8865058
# 5           VAG 1.5289732

现在您可以使用write.table 为每一列输出完整的数据框。

在对rbind 的一次调用中将所有数据帧组合在一起将比在每次循环迭代中调用rbind 更有效；有关详细信息，请参阅 The R Inferno 的第 2 圈。