如何将 R 警告消息重定向到 STDOUT？答案

【问题标题】：How can I redirect R warning messages to STDOUT?如何将 R 警告消息重定向到 STDOUT？
【发布时间】：2011-05-06 00:02:57
【问题描述】：

我正在使用网格引擎来运行 R 脚本。在这种设置下，STDERR 被认真对待，所以我想保持它干净，并且只将真实/严重/致命错误打印到 STDERR。

问题是我的 R 脚本会生成各种 STDERR 消息，这些消息并不是真正严重的警告......例如，scan 似乎将它读取的项目数打印到 STDERR。

我可以（从 R 中）将 STDERR 重定向到 STDOUT 吗？

【问题讨论】：

这个答案可能会有所帮助：stackoverflow.com/a/25307393/2490497

标签： r redirect stdout stderr

【解决方案1】：

查看sink()的帮助页面：

‘sink’将 R 输出转移到一个连接。如果“文件”是一个字符字符串，将建立具有该名称的文件连接转移的持续时间。

正常 R 输出（到连接“stdout”）由默认‘类型=“输出”’。只有提示和（大多数）消息继续出现在控制台上。发送到“stderr()”的消息（包括来自“消息”、“警告”和“停止”的消息）可以被‘sink(type = "message")’转移（见下文）。

【讨论】：

我知道已经有一段时间了，但对于未来的人来说，我认为这个答案可能不起作用，因为使用 type="message" 时所有错误都会被重定向，即使是严重的错误。至少文档是这样的，并且根据我的经验，它似乎是这样工作的。
这并不能解决问题。没有办法全局更改特别是警告行为。

【解决方案2】：

@Dirk 已经提供了答案，但我只想补充一点，您可以使用stdout() 来连接到 STDOUT。您可以在任何输出函数中使用它来直接输出。

【讨论】：

不，“接受”的答案并不能解决问题 - sink() 只能将“消息”、“警告”和“错误”重定向在一起，你不能只分离出“错误” '。

【解决方案3】：

隔离错误的一种方法是使用try catch，在主块中，所有内容都发送到stdout，然后捕获代码抛出的任何错误并将其发送到stderr。

这只会处理代码中抛出的错误，而不是记录错误消息，但可能是您的解决方案。

result = tryCatch({
    sink(stdout(), type = "message") # sink all messages, warnings, errors to stdout
    
    message('Starting! This message will go to stdout')
    warning('Warning! This message will go to stdout')
    error('Error! This message will ALSO go to stdout')
    
    #Call your code here, e.g.
    #...
    stop('An error is thrown', call.=FALSE)
    #...

}, error = function(e) {
    sink(NULL, type="message") # close the sink

    #Now sink closed, you can re-raise the error, and it will be directed to sterr:
    stop(paste0('Error: ', e), call.=FALSE)
})

【讨论】：