如何重命名文件的一部分

Question

我想重命名文件名的一部分，因为该结构在 getfiles 中是硬编码的。

我有包含 ltQCs、sQCs 和样本的代谢组学 mzML 文件，但文件的名称有不同的长度 (6,6,7)。我正在尝试运行 XCMS，但它只获取 ltQCs 和 sQCs，因为结构被硬编码为 6。如何更改文件名的结构，请参见下面的示例：

2020-02-02_B1W1_RP_NEG_P7_A20_001.mzML（7的结构） 到 2020-02-02_B1W1_RP_NEG_P7A20_001.mzML（6的结构）

我已经突出显示了我想要更改的部分。如果这是不可能的，也许通过添加一个字母或数字来重命名 ltQCs 和 sQCs 可能会更容易，所以我得到一个 7 的结构，然后将 getfiles 中的结构更改为 7。

希望有人能帮忙，谢谢:)

最好的

Answer 1

您可以使用删除倒数第二个下划线的gsub 使用正则表达式更改文件名

my_regex <- "(_)([[:alnum:]]{3}_[[:alnum:]]{3}[.]mzML)"
my_filename <- "2020-02-02_B1W1_RP_NEG_P7_A20_001.mzML"
gsub(my_regex, "\\2", my_filename)
#> [1] "2020-02-02_B1W1_RP_NEG_P7A20_001.mzML"

所以你可以做类似的事情

rename_mzMLs <- function(directory)
{
  filenames <- list.files(directory, pattern = ".mzML")
  my_regex <- "(_)([[:alnum:]]{3}_[[:alnum:]]{3}[.]mzML)"
  new_filenames <- gsub(my_regex, "\\2", filenames)
  file.rename(filenames, new_filenames)
}

然后通过做来运行它

rename_mzMLs("C:/path/to/mzML/files/")

显然，由于我没有任何 mzML 文件，因此我无法对此进行测试，因此请确保在运行此功能之前备份文件！