删除文件名中间

Question

我在 bash 中有一个这样的文件名列表

UTSHoS10_Other_CAAGCC-TTAGGA_R_160418.R1.fq.gz
UTSHoS10_Other_CAAGCC-TTAGGA_R_160418.R2.fq.gz
UTSHoS11_Other_AGGCCT-TTAGGA_R_160418.R2.fq.gz
UTSHoS11_Other_AGGCCT-TTAGGA_R_160418.R2.fq.gz
UTSHoS12_Other_GGCAAG-TTAGGA_R_160418.R1.fq.gz
UTSHoS12_Other_GGCAAG-TTAGGA_R_160418.R2.fq.gz

我希望它们看起来像这样

UTSHoS10_R1.fq.gz
UTSHoS10_R2.fq.gz
UTSHoS11_R1.fq.gz 
UTSHoS11_R2.fq.gz
UTSHoS12_R1.fq.gz
UTSHoS12_R2.fq.gz

我没有 perl rename 命令和 sed 's/_Other*160418./_/' *.gz 没有做任何事情。我在这里尝试了其他重命名脚本，但要么没有任何反应，要么我的 shell 开始向控制台打印大量代码并冻结。

这篇文章 (Removing Middle of Filename) 类似，但是给出的答案并没有解释命令的具体部分在做什么，所以我无法将它应用于我的问题。

Answer 1

您可以在包含要重命名的文件的目录中执行以下操作：

for file_name in *.gz
do 
  new_file_name=$(sed 's/_[^.]*\./_/g' <<< "$file_name");
  mv "$file_name" "$new_file_name";
done

模式 (_[^.]*\.) 从第一个 _ 开始匹配，直到第一个 .（包括两者）。 [^.]* 表示 0 个或多个非点（或非句点）字符。

例子：

AMD$ ls
UTSHoS10_Other_CAAGCC-TTAGGA_R_160418.R1.fq.gz  UTSHoS12_Other_GGCAAG-TTAGGA_R_160418.R1.fq.gz
UTSHoS10_Other_CAAGCC-TTAGGA_R_160418.R2.fq.gz  UTSHoS12_Other_GGCAAG-TTAGGA_R_160418.R2.fq.gz
UTSHoS11_Other_AGGCCT-TTAGGA_R_160418.R2.fq.gz

AMD$ for file_name in *.gz
> do new_file_name=$(sed 's/_[^.]*\./_/g' <<< "$file_name")
> mv "$file_name" "$new_file_name"
> done

AMD$ ls
UTSHoS10_R1.fq.gz  UTSHoS10_R2.fq.gz  UTSHoS11_R2.fq.gz  UTSHoS12_R1.fq.gz  UTSHoS12_R2.fq.gz

Answer 2

Parameter expansions in bash 可以基于类似 glob 的模式执行字符串替换，这比在每次循环迭代中调用额外的外部实用程序（例如 sed）提供了更有效的解决方案：

for f in *.gz; do echo mv "$f" "${f/_Other_*-TTAGGA_R_160418./_}"; done

删除mv 之前的echo 以执行实际重命名。

Answer 3

Pure Bash，使用子字符串操作并假设所有文件名具有相同的长度：

for file in UTS*.gz; do
  echo mv -i "$file" "${file:0:9}${file:38:8}"
done

输出：

mv -i UTSHoS10_Other_CAAGCC-TTAGGA_R_160418.R1.fq.gz UTSHoS10_R1.fq.gz
mv -i UTSHoS10_Other_CAAGCC-TTAGGA_R_160418.R2.fq.gz UTSHoS10_R2.fq.gz
mv -i UTSHoS11_Other_AGGCCT-TTAGGA_R_160418.R2.fq.gz UTSHoS11_R2.fq.gz
mv -i UTSHoS11_Other_AGGCCT-TTAGGA_R_160418.R2.fq.gz UTSHoS11_R2.fq.gz
mv -i UTSHoS12_Other_GGCAAG-TTAGGA_R_160418.R1.fq.gz UTSHoS12_R1.fq.gz
mv -i UTSHoS12_Other_GGCAAG-TTAGGA_R_160418.R2.fq.gz UTSHoS12_R2.fq.gz

验证后，从循环内的行中删除 echo 并再次运行。

Answer 4

使用您的 sed 命令，这可以作为 bash 单线：

for name in UTSH*fq.gz; do newname=$(echo $name | sed 's/_Other.*160418\./_/'); echo mv $name $newname; done

注意事项：

• 我已经调整了您的 sed 命令：它有一个 *，前面没有 .（sed 采用正则表达式，而不是通配符模式）。同样，点需要转义。
• 为了查看它是否有效，而无需实际重命名文件，我将echo 命令留在了其中。很容易删除它以使其正常工作。
• 显然，它不必是单行的。但有时，这会让您更轻松地编辑和浏览命令行历史记录。