递归地将文件夹和文件重命名为子目录名称并移动文件

Question

我的主目录中有几个没有一致命名模式的子目录（例如~/123、~/456、~/789）。

在每个子目录中，我都有两个文件夹，分别名为 alignment1 和 alignment2。在文件夹alignment1 和alignment2 中有几个文件。

我感兴趣的文件在alignment1 文件夹中命名为alignment1（无扩展名），在alignment2 文件夹中命名为alignment2（无扩展名）。

请记住，在文件夹 alignment1 和 alignment2 中还有其他名为 alignment 的文件，但是它们有扩展名（例如，alignment1.backbone、alignment1.bbcol 和 @987654339 @、alignment2.bbcol 分别位于 alignment1 和 alignment2 文件夹中），但我不对这些文件感兴趣。

~/123/alignment1/alignment1
~/123/alignment2/alignment2
~/456/alignment1/alignment1
~/456/alignment2/alignment2
etc...

问题：

1. 我的困难是将文件夹 alignment1 和 alignment2 重命名为 subdirectory_alignment1 和 subdirectory_alignment2（例如，123_alignment1 和 123_alignment2）。

2. 然后，在alignment1和alignment2文件夹中，分别命名为alignment1和alignment2的对齐文件需要重命名为subdirectory_1.aln和subdirectory_2.aln。

3. 将subdirectory_1.aln 和subdirectory_2.aln 移动到主目录。

我认为这与this 和this 的问题密切相关，但过去几个小时我一直在尝试修改上述帖子中的答案，但没有成功。

Answer 1

试图将问题分解为小部分。这段代码应该找到所有出现的地方。也许您应该更改正则表达式中的某些内容。 \1 将匹配 \( 和 \) 内部已经匹配的内容。 mindepth 应该找到 */*/* 及以下。 * 在这里很重要，因为您将在结果中拥有 / 的数量。

find * -mindepth 2 -type f | grep '/\([a-z]*[0-9]\)/\1' | while read f; do
  <process>
done

现在您正在迭代您感兴趣的所有文件。 echo "$f" 在循环之前是一个不错的主意。

如果过滤器正常工作，以下是将文件名分成小部分的一些想法：

d1=`cut -d'/' -f1 <<< "$f"`
d2=`cut -d'/' -f2 <<< "$f"`
newName="${d1}/${d1}_${d2}"

现在这里和那里只是一些简单的mv "$from" "$to"。