用文件名替换文件中的文本答案

【问题标题】：Replacing text in a file with the name of the file用文件名替换文件中的文本
【发布时间】：2018-01-08 08:39:08
【问题描述】：

基本上，我正在尝试编写一段代码，将带有文件的文本更改为文件本身的名称。基本上我有很多以EMBOSS_001 作为第一段文本的文件，例如(EMBOSS_001|296133516|ref|YP_003640763.1|,33.06,248,157,7,1,243,1,244,7e-31, 121)。我想将其更改为文件名。我的文件名范围从fp1_blast_output.csv 到fp11000_blast_output.csv。我想将文件中文本的EMBOSS 部分更改为文件的fp() 部分。这就是我所拥有的，但不幸的是它不起作用！

from glob import glob

fasta_files = glob('*output.csv')
print(fasta_files)

for fname in fasta_files:
    with open(fname) as input1, open('modified/{}'.format(fname), 'w') as output:
        data = input1.read()
        data = data.replace('EMBOSS_001',fname.split('._blast_output.csv')[0])
        output.write(data)

我最终想要的是：

fp()|296133516|ref|YP_003640763.1|,33.06,248,157,7,1,243,1,244,7e-31, 121

【问题讨论】：

运行这段代码会发生什么？
"我有很多文件以 EMBOSS_001 作为第一段文本，例如。(fp()|296133516|ref|YP_003640763.1|,33.06,248,157,7,1,243,1,244,7e -31, 121)。”这段文字没有 EMBOSS_001 作为第一段文字？
克里斯，因为我有大量文件，我正在使用 pubDB 的服务器上运行它。在输出和 EMBOSS 文本的更改未保存之前，一切似乎都正常工作！
Enfenion，抱歉，打错了！

标签： python csv text replace

【解决方案1】：

您的示例输入和预期/期望的结果是相同的。您可以尝试以下方法：

with open(fname) as input1, open('modified/{}'.format(fname), 'w') as output:
    new_fname = fname.split('.aln_blast_output.csv')[0]
    for line_to_change in input1.readlines():
        output.write(line_to_change.replace('EMBOSS_001', new_fname))

请同时发布您的错误。

【讨论】：

嗨，巴勃罗，感谢您的回答。不幸的是，由于未定义 fname，此脚本无法正常工作。至于我的脚本，烦人的是我在命令上运行它，就像使用 pubDB 一样，它并没有给我一个错误。据我所见，它在输出之前完成了我想要的操作。 EMBOSS 部分已更改，但未保存在输出中。
@BrianF 我认为您应该将脚本中的“with open(fname) ...”行与脚本中的“with open(fname) ...”行交换。
即修补代码，使其与您的脚本匹配。
@Enfenion 不幸的是仍然没有运气。同样的问题。由于某种原因，输出实际上并未写入文件中
您知道您正在将结果写入“修改”子目录中的文件，对吧？

【解决方案2】：

这行得通吗？

from glob import glob

fasta_files = glob('*output.csv')
print(fasta_files)

for fname in fasta_files:
    with open(fname) as input1, open('modified/{}'.format(fname), 'w') as output:
        data = input1.read()
        new_name = fname.split('_blast_output.csv')[0]
        changed_data = data.replace('EMBOSS_001',new_name)
        output.write(changed_data)

【讨论】：

【解决方案3】：

一般来说，- 我希望这实际上解决了您的问题，- 如果您想将所有 .csv 文件中的某些文本部分更改为这些文件的名称（减去“.csv”部分），这就是我的方法会接近它：

from glob import glob

fasta_files = glob('*.csv')

for fname in fasta_files:
    with open(fname, 'r') as finput:
        data = finput.read()

    data = data.replace('EMBOSS_001', fname[:-4])             

    with open('modified/{}'.format(), 'w') as output:            
        output.write(data)

【讨论】：