在循环中重命名匹配模式的文件 - Bash答案

【问题标题】：Rename files matching pattern in a loop - Bash在循环中重命名匹配模式的文件 - Bash
【发布时间】：2021-09-20 04:35:09
【问题描述】：

我一直在尝试根据表格重命名某些特定文件，但没有成功。它要么重命名所有文件，要么给出错误。

该目录包含数百个以长条形码命名的文件，我只想重命名包含模式 _1_ 的文件。

例子

barcode_1_barcode_SL484171.fastq.gz   barcode_2_barcode_SL484171.fastq.gz   barcode_1_barcode_SL484370.fastq.gz   barcode_2_barcode_SL484370.fastq.gz

mytable.txt

oldname	newname
barcode_1_barcode_SL484171	Description1
barcode_2_barcode_SL484171	Description1
barcode_1_barcode_SL484370	Description2
barcode_2_barcode_SL484370	Description2

期望输出：

Description1.R1.fastq.gz Description2.R1.fastq.gz

正如您在表格中看到的，每个描述有两个文件，但我只想重命名具有 _1_ 模式的文件。

我尝试过的代码：

for i in *_1_*.fastq.gz; do read oldname newname; mv "$oldname" "$newname".R1.fastq.gz; done < mytable.txt

for i in $(grep '_1_' mytable.txt); do read -r oldname newname; mv ${oldname} ${newname}.R1.fastq.gz; done < mytable.txt

for i in $(grep '_1_' mytable.txt); do oldname=$(cut -f1 $i);newname=$(cut -f2 $i); ln -s ${oldname} ${newname}.R1.fastq.gz; done

【问题讨论】：

标签： bash rename mv

【解决方案1】：

while read -r oldname newname
do 
    if [[ $oldname =~ "_1_" ]]
    then 
        mv $oldname $newname
    fi
done < mytable.txt

【讨论】：

如果你能解释你的代码，你的答案会更好。

【解决方案2】：

类似的东西。

#!/usr/bin/env bash

while IFS= read -r files; do                 ##: loop through the output of `grep 'barcode_1_barcode.*' table.txt`
  while read -ru9 old_name prefix; do        ##: loop through the output of `find . -name 'barcode_1_barcode*.gz' | grep -f <(cut -d' ' -f1 table.txt`
    if [[ $files == *"$old_name"* ]]; then   ##: If the filename from the output of find matches the first field of table.txt (space delimite)
      old_filename="${files%.fastq.gz}"      ##: Extract the filename without the fast.gz extesntion
      extension="${files#"$old_filename"}"   ##: Extract the extention .fast.gz without the filename
      # mv -v "$files" "$prefix.R1${extension}"
      printf '%s %s %s ==> %s\n' mv -v "$files" "$prefix.R1${extension}"  ##: Rename the files to the desired output
    fi
  done 9< <(grep 'barcode_1_barcode.*' table.txt)
done < <(find . -name 'barcode_1_barcode*.gz' | grep -f <(cut -d' ' -f1 table.txt) ) ##: Remain the first column/field of table.txt

OP 样本数据/文件的输出。

renamed './barcode_1_barcode_SL484370.fastq.gz' -> 'Description2.R1.fastq.gz'
renamed './barcode_1_barcode_SL484171.fastq.gz' -> 'Description1.R1.fastq.gz'

如果您对输出感到满意，请将 # 从 mv 的前面移到

printf 的前面，或者只是删除带有printf 的整行并从中删除#

mv 以便mv 实际重命名文件。

【讨论】：