sed 通配符未按预期运行

Question

尝试将“/data/kollman/appion/*/relion/micrographs”替换为“micrographs”

sed -i 's/\/data\/kollman\/appion\/.*\/relion\/micrographs/micrographs/g' micrographs_all_gctf.star

每行需要两次更正。

/data/kollman/appion/17nov14d/relion/micrographs/00001_nonDW.mrc /data/kollman/appion/17nov14d/relion/micrographs/00001_nonDW.ctf:mrc 18326.289062 19408.296875    74.539665   120.000000     2.120000     0.200000 87500.000000    14.000000    -0.032973     3.656274
/data/kollman/appion/17nov14d/relion/micrographs/00002_nonDW.mrc /data/kollman/appion/17nov14d/relion/micrographs/00002_nonDW.ctf:mrc 19867.357422 20695.939453    48.760956   120.000000     2.120000     0.200000 87500.000000    14.000000    -0.034282     3.727132

需要变成这样：

micrographs/00001_nonDW.mrc micrographs/00001_nonDW.ctf:mrc 18326.289062 19408.296875    74.539665   120.000000     2.120000     0.200000 87500.000000    14.000000    -0.032973     3.656274
micrographs/00002_nonDW.mrc micrographs/00002_nonDW.ctf:mrc 19867.357422 20695.939453    48.760956   120.000000     2.120000     0.200000 87500.000000    14.000000    -0.034282     3.727132

但是，我得到的结果是这样的：

micrographs/00001_nonDW.ctf:mrc 18326.289062 19408.296875    74.539665   120.000000     2.120000     0.200000 87500.000000    14.000000    -0.032973     3.656274
micrographs/00002_nonDW.ctf:mrc 19867.357422 20695.939453    48.760956   120.000000     2.120000     0.200000 87500.000000    14.000000    -0.034282     3.727132

问题似乎是我在这里使用通配符的方式。我需要它，因为文件夹结构的那部分总是不同的，因为这个命令旨在推广到所有这样的文件夹结构。星号代表日期，它总是在变化。

无论如何，通配符会按预期替换日期，但看起来它一直延伸到日期之后并跨越到需要替换的第二个实例。结果是它在每一行删除了文件结构的一个条目。

Answer 1

您的通配符 .* 匹配所有字符，直到 /relion/micrographs 的第二个实例。您需要一个更具确定性的模式。

另外，使用不同的 sed 表达式分隔符，这样您就不需要转义每个 /：

sed -E 's#/data/kollman/appion/[^ ]+/relion/micrographs#micrographs#g' file

• 字符类[^ ] 确保我们只匹配非空格字符，并防止贪婪匹配会吞噬所有字符直到/relion/micrographs 的第二个实例。