Docker，CentOS：如何在 bash shell 中使用环境模块自动加载模块？答案

【问题标题】：Docker, CentOS: How to automate loading of modules with environment-modules, in bash shell?Docker，CentOS：如何在 bash shell 中使用环境模块自动加载模块？
【发布时间】：2019-12-26 01:40:22
【问题描述】：

我想在 CentOS Docker 容器中自动加载模块。

通常，我会将命令放在.bashrc / .bash_profile 中，但我似乎无法让它工作。

这是我当前 Dockerfile 的开始：

FROM centos:7.6.1810

RUN yum update -y && yum clean all

RUN yum install -y https://centos7.iuscommunity.org/ius-release.rpm \
    && yum install -y python36u python36u-libs python36u-devel python36u-pip \
    && yum install -y environment-modules mpich mpich-devel gcc-c++ \
    && yum install -y git

RUN echo "source /usr/share/Modules/init/bash" >> /root/.bash_profile \
    && echo "module load mpi/mpich-x86_64" >> /root/.bash_profile \
    && update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python2 50 \
    && update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3.6 60

WORKDIR /app

...

这是有效的命令：

docker run -t my_image:tag /bin/bash -c "source /usr/share/Modules/init/bash; module load mpi/mpich-x86_64; mpiexec"

但我只希望 docker run -t my_image:tag /bin/bash -c "mpiexec" 工作。

我尝试添加许多回显命令的组合，例如/root/.bashrc 或 /app/.bash_profile，但似乎无法正常工作。

【问题讨论】：

man bash，INVOCATION 部分描述了加载不同配置文件的方式和时间。

标签： bash docker centos centos7 environment-modules

【解决方案1】：

在您描述的docker run 命令上，bash 以非交互模式作为非登录 shell 启动。在这种情况下，bash 不会评估其初始化配置文件，例如 ~/.bash_profile 或 ~/.bashrc。

要在这种情况下适应 bash 初始化，可以使用 BASH_ENV 变量。在非交互模式下启动时，bash 获取此变量指向的文件（如果已设置）。

因此，我建议将您的 docker 映像的定义调整为：

创建一个~/.bashenv 文件来保存环境模块初始化命令和mpi 模块文件的加载
然后在映像定义中声明指向/root/.bashenv 的BASH_ENV 变量，以便在对创建的容器运行命令时对其进行设置

FROM centos:7.6.1810

RUN yum update -y && yum clean all

RUN yum install -y https://centos7.iuscommunity.org/ius-release.rpm \
    && yum install -y python36u python36u-libs python36u-devel python36u-pip \
    && yum install -y environment-modules mpich mpich-devel gcc-c++ \
    && yum install -y git
    && update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python2 50 \
    && update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3.6 60 \
    && echo "source /usr/share/Modules/init/bash" >> /root/.bashenv \
    && echo "module load mpi/mpich-x86_64" >> /root/.bashenv \
    && echo "[[ -s ~/.bashenv ]] && source ~/.bashenv" >> /root/.bash_profile \
    && echo "[[ -s ~/.bashenv ]] && source ~/.bashenv" >> /root/.bashrc

ENV BASH_ENV=/root/.bashenv

WORKDIR /app

【讨论】：