在 Mac OS X High Sierra 上安装 rgeos 和 rgdal 的问题答案

【问题标题】：Problems Installing rgeos and rgdal on Mac OS X High Sierra在 Mac OS X High Sierra 上安装 rgeos 和 rgdal 的问题
【发布时间】：2018-12-02 12:05:51
【问题描述】：

我查看了多个来源，以了解如何以与 Anaconda Navigator 配合使用的方式在 Mac OS X High Sierra 上安装 rgeos 和 rgdal。我提到 Anaconda 是因为我希望能够构建静态的特定于项目的包环境，以确保我的项目在 6 个月后依赖包发生变化时能够正常工作。我已在其他几台计算机上成功安装并使用了rgeos 和rgdal，但似乎在新计算机上出现问题。我想从 Anaconda Navigator 的 RStudio 启动 Shiny 应用程序。我找到的解决方案（如下所列）均无效：

基于上述来源和我通过一系列错误消息的缓慢进展，我尝试了以下方法：

从http://www.kyngchaos.com/software/frameworks 安装 GDAL 2.2 Complete [30.0 MiB] 2018-3-10。这将安装 GDAL、GEOS、PROJ、SQLite 和 UnixImageIO 框架。

以上安装没有错误信息。但尝试安装 rgeos 时出现错误消息：

configure: error: geos-config not found or not executable.

因此，要么安装失败并且没有通知我，要么存在某种类型的 $PATH 问题 (?)。在博客上，有人建议针对上述问题执行以下操作：

brew install geos

以上成功完成。所以我进入 RStudio 并尝试了以下方法，它解决了以前的错误但产生了一个新的错误：

install.packages("~/Downloads/rgeos_0.3-28.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

安装源代码包'rgeos' ... 配置：CC：x86_64-apple-darwin13.4.0-clang 配置：CXX：x86_64-apple-darwin13.4.0-clang++ 配置：rgeos：0.3-28 检查 /usr/bin/svnversion... 是 cat: inst/SVN_VERSION: 没有这样的文件或目录配置：svn 修订：检查 geos-config... /usr/local/bin/geos-config 检查 geos-config 的可用性...是的配置：GEOS 版本：3.6.2 检查 geos 版本至少 3.2.0... 是检查 geos-config clibs...是的检查 geos_c.h 的存在和可用性...否配置：错误：在标准或给定位置找不到 geos_c.h。错误：包“rgeos”的配置失败删除“/Users/aloha2018/anaconda2/lib/R/library/rgeos” install.packages 中的警告：安装包“/Users/aloha2018/Downloads/rgeos_0.3-28.tar.gz”的退出状态非零

对接下来要尝试什么有什么想法吗？

当然，我已经尝试过从 Anaconda Navigator 启动的 RStudio 应用程序：

install.packages("rgeos") install.packages("rgdal")

来自 CRAN 和 tar.gz。但似乎无法找到名为geos_c.h 的文件，该文件确实存在于我的计算机上：

/Library/Frameworks/GEOS.framework/Versions/3B/Headers/geos_c.h

有没有办法告诉 RStudio 查看包含该文件的目录，以便我的 rgeos 和 rgdal 安装工作？我应该会遇到其他错误吗？如果是，我该如何避免/解决它们？

我也在终端窗口中尝试过：

conda install -c conda-forge r-rgdal

但是在花费很长时间尝试“解决环境”后失败了：

Andrews-MacBook-Pro:~ aloha2018$ conda install -c conda-forge r-rgdal 
Solving environment: failed

UnsatisfiableError: The following specifications were found to be in conflict:
  - r-rgdal
  - rstudio==1.1.423
Use "conda info <package>" to see the dependencies for each package.

所以我试试：

conda r-rgdal

但是没有输出：

Andrews-MacBook-Pro:~ aloha2018$ conda info r-rgdal
Andrews-MacBook-Pro:~ aloha2018$

【问题讨论】：

我一直无法让 rgeos 或 rgdal 与 conda 一起工作。我想也许他们不尊重 Anaconda $PATH 覆盖。
我明白了。知道该怎么做吗？您认为解决方案是否涉及更改 .Renviron 文件？参考：csgillespie.github.io/efficientR/r-startup.html#renviron
在从kyngchaos.com/software/frameworks 安装 GDAL 和 GES 以及“完整 2.2”包的其余部分并且没有做任何其他事情之后，我从 R.app 安装和加载了 rgdal 和 rgeos 没有任何困难图形用户界面。我想知道自制软件 geos 是否会为您的 IDE 安装 PATH？
@42-“在安装 GDAL 和 GES 以及“完整 2.2”包的其余部分之后”，这是否意味着您所做的不仅仅是安装“GDAL 2.2 Complete [30.0 MiB] 2018-3-10 “？我只安装了那个包。但这是有用的信息。也许也是因为我从 Anaconda 启动 RStudio？
这就是我安装的所有内容，但我的意思是暗示 PROJ4.1 和至少另一个也已安装。我不确定说 Rstudio 是从 Anaconda 推出的。您应该能够从 Rstudio 中提取系统环境设置。运行：Sys.getenv() 并运行 ?Starup（在 R 中）以获取文件名和加载顺序。我认为 RStudio 取决于 Renviron.site 或 Renviron 的内容

标签： r anaconda rgdal

【解决方案1】：

我也遇到过类似的问题。我首先通过使用以下environment.yml 配置使用 conda 安装所有东西来解决它

name: london-crime-r
channels:
   - conda-forge
   - conda
dependencies:
   - gdal
   - geos
   - r-base
   - r-rcpp
   - r-irkernel
   - r-mass
   - r-dplyr
   - r-rgdal
   - r-rgeos
   - r-raster
   - rstudio

但是，在更新conda 后，10 小时内没有解决依赖关系，所以我走的是传统路线：

使用brew 安装geos 和gdal。在我的机器上构建需要 40 分钟。

brew install geos gdal

完成后，按此顺序安装R 包。

install.packages('sp', type='source')

install.packages("rgeos", repos="http://R-Forge.R-project.org", type="source")
require(rgeos)

install.packages("rgdal", repos="http://R-Forge.R-project.org", type="source")
require(rgdal)

接下来，下面的包就可以用普通的install了。

libraries <- c("rgdal",
               "rgeos",
               "raster",
               "spdep",
               "spatstat")
install.packages(libraries)

【讨论】：