【发布时间】：2015-08-03 23:21:51
【问题描述】：
我正在使用Bioperl 来查找GOterms 的基因。
我检索了一个html 文件，将其转换为文本，去掉所有多余的空格和换行符，然后尝试遍历生成的数组。
但是，我在访问数组中未初始化的值时不断收到错误消息。我进行了许多检查以确保数组不为空并且我不会越界。我怎样才能摆脱这个错误？
我以更易读的格式重新发布了代码。感谢您的帮助。
似乎成功从html中解析出正确的数据所以不知道哪里出了问题。
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use LWP::Simple;
use HTML::TreeBuilder;
use HTML::FormatText;
my $URL = get("http://amigo.geneontology.org/amigo/term/GO:0000001");
my $Format = HTML::FormatText->new;
my $TreeBuilder = HTML::TreeBuilder->new;
$TreeBuilder->parse($URL);
my $Parsed = $Format->format($TreeBuilder);
print "$Parsed";
my @parsed = split( /[ ]{2,}|(\n+)|(\r+)/, $Parsed );
if ( @parsed == 1 ) { return; }
my %termhash;
my $count = 0;
while ( $count < @parsed ) {
if ( defined $parsed[$count] && $parsed[$count] eq 'Name' ) {
my $count2 = $count;
while ( ( $parsed[$count2] ne 'Feedback' ) && ( $count2 < @parsed ) ) {
$count2++;
}
$count2--;
@parsed = @parsed[ $count .. $count2 ]; # Gets the slice of the array needed
last;
}
$count++;
}
if ( @parsed <= 1 ) { return; }
print "\n";
print @parsed;
$count = 0;
while ( $count < @parsed ) {
if ( $parsed[$count] eq 'Name' ) {
while ( $parsed[$count] ne 'Ontology' && ( $count < @parsed )) {
$termhash{'Name'} .= $parsed[$count];
$count++;
}
}
if ( $parsed[$count] eq 'Ontology' ) {
while ( $parsed[$count] ne 'Synonyms' && ( $count < @parsed )) {
$termhash{'Category'} .= $parsed[$count];
$count++;
}
}
if ( $parsed[$count] eq 'Synonyms' ) {
while ( $parsed[$count] ne 'Definition' && ( $count < @parsed )) {
$termhash{'Aliases'} .= $parsed[$count];
$count++;
}
}
if ( $parsed[$count] eq 'Definition' ) {
while ( $parsed[$count] ne 'Comment' && ( $count < @parsed )) {
$termhash{'Definition'} .= $parsed[$count];
$count++;
}
}
if ( $parsed[$count] eq 'Comment' ) {
while ( $parsed[$count] ne 'History' && ( $count < @parsed )) {
$termhash{'Comment'} .= $parsed[$count];
$count++;
}
}
if ( $parsed[$count] eq 'History' ) {
while ( $parsed[$count] ne 'Subset' && ( $count < @parsed )) {
$termhash{'Version'} .= $parsed[$count];
$count++;
}
}
if ( $parsed[$count] eq 'Subset' ) {
while ( ( $parsed[$count] ne 'Community' ) && ( $count < @parsed ) ) {
$count++;
}
}
if ( $parsed[$count] eq 'Community' ) {
while ( ( $parsed[$count] ne 'Related' ) && ( $count < @parsed ) ) {
$count++;
}
}
if ( $parsed[$count] eq 'Related' ) {
for ( $count < @parsed ) {
$termhash{'Definition references'} .= $parsed[$count];
$count++;
}
}
}
if ( $termhash{'Definition'} =~ m/OBSOLETE/ ) { $termhash{'Is obsolete'} = 1 }
else { $termhash{'Is obsolete'} = 0 }
#print %termhash;
主要的错误信息是：
-
在字符串 ne 中使用未初始化的值 $parsed[127] /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 23 行。
在打印中使用未初始化的值 $parsed[1] /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 35 行。
在字符串 ne 中使用未初始化的值 $parsed[1] /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 42 行。
在连接 (.) 或字符串中使用未初始化的值 $parsed[1] 在 /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 41 行。
在字符串 ne 中使用未初始化的值 $parsed[17] /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 48 行。
在连接 (.) 或字符串中使用未初始化的值 $parsed[17] 在 /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 47 行。
在字符串 ne 中使用未初始化的值 $parsed[29] /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 54 行。
在连接 (.) 或字符串中使用未初始化的值 $parsed[29] 在 /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 53 行。
在字符串 ne 中使用未初始化的值 $parsed[41] /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 60 行。
在连接 (.) 或字符串中使用未初始化的值 $parsed[41] 在 /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 59 行。
在字符串 ne 中使用未初始化的值 $parsed[79] /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 66 行。
在连接 (.) 或字符串中使用未初始化的值 $parsed[79] 在 /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 65 行。
在字符串 ne 中使用未初始化的值 $parsed[83] /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 72 行。
在连接 (.) 或字符串中使用未初始化的值 $parsed[83] 在 /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 71 行。
在字符串 ne 中使用未初始化的值 $parsed[95] /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 77 行。
在字符串 ne 中使用未初始化的值 $parsed[107] /home/adur/workspace/BI7643/ParseGOhtml.pl 第 82 行。
【问题讨论】：
-
在错误消息中包含更多详细信息可能会有所帮助。
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你对
count2--所做的事情对我来说没有多大意义。 -
你不应该压缩你的代码，以至于它不再可读。利用空格。和
use warnings。并且不要使用use Switch，该模块已被弃用——请改用 if-else。 -
此错误消息对应倒数第二个情况：在 /home/adur/workspace/BI7643/GOexamp.pl 第 105 行的字符串 ne 中使用未初始化值 $parsed[101]，
第 1 行。我之前没有包含错误消息，因为它包含有关我发布的内容之外的工作代码的信息。 Count2-- 将索引向后移动，以便“反馈”不包含在数组切片中。我压缩开关部分的原因是因为我失去了空格的分数。我会用 if-else 替换它。
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