如何在光栅计算功能中显示进度条？答案

【问题标题】：How to show the progress bar in raster calc function?如何在光栅计算功能中显示进度条？
【发布时间】：2016-10-28 03:08:04
【问题描述】：

如何在为用于 calc raster 函数而编写的函数中使用像 this example 这样的进度条？

我有一个庞大的数据集要处理，我希望使用进度条来控制处理的持续时间。我试着像这样使用，（进程的）功能完美地工作，但是，不显示进度条。

# PROGRESS BAR IN CALC RASTER EXAMPLE
# create data
r <- raster(nrow=10, ncol=10) 
dataset <- list() 
for (i in 1:20) { 
    dataset[i] <- setValues(r, rnorm(ncell(r), i, 3) ) 
} 
dataset <- stack(dataset)

## function to apply
pixel <-getValuesBlock(s1, row=1, nrows=1, col=1, ncols=1, lyrs=1:nlayers(s1))
CropAnalysis <- function (pixel, ...){
 gc()
 pb <- txtProgressBar(...)
 # test : if is No data the return is 
 if (identical(x = is.na(pixel), y = rep(TRUE,length(pixel)))) {NA}else{
 averageOfhigher <- mean(pixel[pixel > 10], na.rm=T)
 averageOflower <- mean(pixel[pixel < 10], na.rm=T)
 return(c(averageOfhigher, averageOflower))
 }
 setTxtProgressBar(pb)}

 # applying calc finction
 data_process<-calc(x=dataset, fun=CropAnalysis, forcefun=TRUE, forceapply=TRUE)

【问题讨论】：

标签： r progress-bar r-raster calc

【解决方案1】：

您可以使用progress 参数，该参数内置于raster 包中的大多数函数中。只有分块写入时才会显示（因为数据集很大）。

# example data
library(raster)
r <- raster(nrow=10, ncol=10) 
d <- stack(lapply(1:20, function(i) setValues(r, rnorm(ncell(r), i, 3) )) )

f  <- function(pixel, ...){
     if (all(is.na(pixel))) {
        c(NA, NA) # note the two NAs to match the other case 
     } else {
        averageOfhigher <- mean(pixel[pixel > 10], na.rm=TRUE)
        averageOflower <- mean(pixel[pixel < 10], na.rm=TRUE)
        c(averageOfhigher, averageOflower)
     }
  }

不要在脚本中使用下面的行。只需要在这个玩具示例触发分块写入，以便出现进度条

rasterOptions(todisk=TRUE)

但请务必使用progress 参数（“文本”或“窗口”）

r <- calc(d, fun=f, progress='text')

【讨论】：

嗨@RobertH，我采纳了你的建议，没有进度条，只有进度的开始和结束。如何解决这个问题？
表示数据不多。您可以在 rasterOptions 中设置较小的块大小以获得更多步骤（但这可能会减慢速度）
当我使用 progress="text" 时，控制台始终只显示“| |0%”，但是，当我应用 progress="window" 时，会显示来自 tcltk 包的窗口作为进度。

【解决方案2】：

一个简单的解决方案
您可以使用 raster 包中内置的 rasterOptions 函数。
举个例子 rasterOptions(progress = 'text',timer=TRUE) 将向您显示进度，如您展示的示例，以及光栅包中每个使用的功能的时间。
查看此链接以获取更多高级选项： https://rdrr.io/cran/raster/man/rasterOptions.html

【讨论】：