将基于行的条目转换为基于 shell 的列答案

【问题标题】：Convert rows based entry to column based in shell将基于行的条目转换为基于 shell 的列
【发布时间】：2012-03-08 11:31:32
【问题描述】：

我需要您的帮助，以便将多行条目插入不同的列。并对文件中的所有条目执行相同操作。

文件示例（仅显示 2 个条目，类似的还有很多）：

>ABC
*
AGA-AUUCUC-CGGUUCAAUCU
|||
UCUAUAACCGCGCCGAGUUAGU

>ABC
*
AGAUAU-GCUGCAGGCUCAAUUG
||||||
UCUAUAACCGCG-CCGAGUUAGU

需要的文件格式：

>ABC AGA-AUUCUC-CGGUUCAAUCU UCUAUAACCGCGCCGAGUUAGU
>ABC AGAUAU-GCUGCAGGCUCAAUUG UCUAUAACCGCG-CCGAGUUAGU

我可以通过以下方式将单个条目转换为所需的格式：

tr '\n' '\t' <test3 | awk '{print $1,$3,$5}'

但是如何通过读取整个文件来处理所有条目？

【问题讨论】：

【解决方案1】：

这是使用 Perl 的一种方法：

perl -ne 'chomp; if($. % 2 == 1) { print $_, ($. % 6 == 5) ? "\n" : "\t" }'

这将打印文件的第 1 行、第 3 行、第 5 行、第 7 行等。在第 5、11、17 等行之后，它将打印一个换行符；在其他行之后，它只会打印一个标签。

（注意：这假设在连续的五行组之间恰好有一个空行。如果不是，请澄清。）

【讨论】：

【解决方案2】：

你可以像这样使用awk：

awk 'NR%2 { printf "%s%s", $0, (NR+1)%6 ? " " : "\n" }' < test

说明：

awk的这两件事你需要知道：

这里，条件是NR%2，对于奇数行，它是非零的。因此，该命令仅对奇数行执行，即您要打印的行。偶数行被静默丢弃。

printf 将打印每个奇数行，后跟空格或换行符。您的输入每 6 行重复一次，并且您希望在第 5、11、17、等行之后有一个换行符。您可以将每个数字加 1 以使其能被 6 整除，因此公式 (NR+1)%6 对这些数字来说是 0。

所以(NR+1)%6 ? " " : "\n" 计算为第 1 行和第 3 行的空格，第 5 行的换行符。然后它重复 7、9 和 11；等等。

【讨论】：

【解决方案3】：

我认为您的原始awk 解决方案是正确的。尝试这个;我认为它是可读性和有效的很好的结合：

awk 'BEGIN { RS="\n\n" } ; { print $1, $3, $5 }' < myfile

这个想法是告诉 awk 将空行（2 个连续的换行符）视为记录分隔符。然后将每个节视为单个记录，并且空格（在本例中为单个换行符）分隔字段。这与您对 tr 所做的非常相似，只是现在 awk 将运行整个文件，一次处理一个节。

【讨论】：