python有没有简单的序列对齐模块或包？

Question

处理纯文本序列文件（大多数情况下是fasta 序列）效率不高。我真的很想处理 python 对象（str 左右）而不是 fasta 文件。我需要的只是：

>>> s1 = Seq('atgctttccg....act')
>>> s2 = Seq( 'tactttccg....tat')
>>> result = align(s1, s2, scoring_matrix)
>>> result.identity, result.score, result.expect
(79.37, 1086, 9e-105)
>>> result.alignment
('atgctttccg....act--','-tactttccg....tat')

因此，我还可以避免重复解析输出文件，这很无聊、耗时且容易出错。我不指望高性能。我打算编写一个实现 Smith-Waterman 算法的 python 扩展，但想知道： 1. 有我需要的现有模块吗？ 2. 对于 Smith-Waterman 对齐实现的常见优化，有什么推荐的读物吗？

任何建议表示赞赏。

Answer 1

我使用Biopython 来处理/解析fasta 文件。太好了。我不会很难在 python 中实现 Smith-Waterman 算法，但速度很慢。祝你好运。