将网络图转换为 graphviz

Question

我无法在 networkx 中可视化具有平行边的多向图，因此我使用了 pydot，但我遇到了两个问题

1) 我似乎无法理解为什么节点位置没有被固定我想在 x 和 y 指定的坐标处绘制它们 2）如何设置正在绘制的图形的大小 plt.figure 命令实际上不起作用 3）我如何添加边缘标签（如果我有的话）

非常感谢

import networkx as nx  
from io import StringIO
from io import BytesIO

import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.image as mpimg
import networkx as nx


graph= nx.MultiGraph()                                                                                    

#add 4 nodes in the vertexs of a square. X and Y are the coordinates                                      
graph.add_node(1,x=100,y=100)                                                                             
graph.add_node(2,x=100,y=200)                                                                             
graph.add_node(3,x=200,y=100)                                                                             
graph.add_node(4,x=200,y=200)                                                                             
graph.add_edge(1,2)                                                                                       
graph.add_edge(2,1)   
graph.add_edge(3,1)
graph.add_edge(3,4)                                                                                       
graph.add_edge(4,1)                                                                                       
                                                                                                         # assign positions                                                                                        
for n in graph:                                                                                           
    graph.node[n]['pos'] = '"%d,%d"'%(graph.node[n]['x'], graph.node[n]['y'])                             
p = nx.drawing.nx_pydot.to_pydot(graph)                                                                                    

# render pydot by calling dot, no file saved to disk
png_str = p.create_png(prog='C:\\Anaconda3\\Library\\bin\\graphviz\\dot.exe')

# treat the dot output string as an image file
sio = BytesIO()
sio.write(png_str)
sio.seek(0)
img = mpimg.imread(sio)





plt.figure(figsize = (10,10))
imgplot = plt.imshow(img)

Answer 1

TLDR (a) 使用neato，而不是点来绘制 (b) pos attrs 的形式应该是“100,200！”在点文件中。不要双引号，并添加一个！标记。

首先，并非所有的 graphviz 工具都支持位置。见docs：

在neato和fdp中，可以使用pos来设置节点的初始位置

其次，一旦您使用读取pos 属性的工具，您会在输出中看到一些错误。要了解外部工具的问题，单独测试它更有意义，所以让我们这样做：

nx.drawing.write_dot(graph, "test.dot")

然后运行neato:

> neato -Tpng test.dot >test1.png 
Error: node 1, position "100,100", expected two doubles
Error: node 2, position "100,200", expected two doubles
Error: node 3, position "200,100", expected two doubles
Error: node 4, position "200,200", expected two doubles

您现在会看到格式不正确。因此，neato 继续对图表进行布局，就好像没有指定 pos 一样。

for n in graph:
    graph.node[n]['pos'] = "{},{}!".format(
        graph.node[n]['x'], graph.node[n]['y'])

现在再试一次：

nx.drawing.write_dot(graph, "test_fix.dot")

# note: the -n flag causes neato to use points rather than inches. 
# see docs, and/or experiment with -s setting as well
> neato -n -Tpng test_fix.dot >test2.png 

现在尊重位置：

边缘标签和图像尺寸

点手册和这个网站都有关于如何绘制边缘标签的信息（例如How to add edge labels in Graphviz? 或Graphviz: Place edge label on the other side (II)），显然您需要在图表中添加一些属性（请参阅“使用关键字将数据关联到边缘” :https://networkx.github.io/documentation/networkx-1.10/reference/generated/networkx.DiGraph.add_edge.html)

不清楚您所说的“plt.figure 命令不起作用”是什么意思，但这与此处的 networkx 问题相去甚远，所以我认为最好发布一个新问题来隔离问题并解释它完全。

Answer 2

digraph G {
    graph [bb="0,0,270,396",
        sep="+6",
        splines=true
    ];
    node [label="\N",
        nodesep=.4,
        pin=true,
        style=invis
    ];
    edge [style=invis];
    {
        graph [rank=same];
        node [style=solid];
        1   [height=0.5,
            pos="27,378",
            width=0.75];
    }
    {
        graph [rank=same];
        node [style=solid];
        2   [height=0.5,
            pos="27,306",
            width=0.75];
        3   [height=0.5,
            pos="99,306",
            width=0.75];
        5   [height=0.5,
            pos="243,306",
            width=0.75];
    }
    {
        graph [rank=same];
        node [style=solid];
        c1  [height=0.5,
            pos="27,234",
            style=invis,
            width=0.75];
        6   [height=0.5,
            pos="99,234",
            width=0.75];
    }

    1 -> 2  [pos="e,27,324.1 27,359.7 27,351.98 27,342.71 27,334.11"];
    2 -> c1 [pos="e,27,252.1 27,287.7 27,279.98 27,270.71 27,262.11"];

edge[constraint=false style=solid]  

1 -> 2 [label=aaa ]
1 -> 3 [label=abb] 
1 -> 5 [label=abc ]
1 -> 6   [label=aba]
3 -> 6 
}

运行neato的Linux命令-注意“-s”选项
F=stylized1Tiny;整洁 -s -Tpng $F.dot >$F.png;