无法使用 R 中的 read.table 或 read.csv 读取带有“#”和空格的文件答案

【问题标题】：Cannot read file with "#" and space using read.table or read.csv in R无法使用 R 中的 read.table 或 read.csv 读取带有“#”和空格的文件
【发布时间】：2023-03-24 03:54:01
【问题描述】：

我有一个文件，其中第一行是标题。标题可以有空格和# 符号（也可能有其他特殊字符）。我正在尝试使用 read.csv 或 read.table 读取此文件，但它不断向我抛出错误：

undefined columns selected 

more columns than column names

我的制表符分隔的 chromFile 文件如下所示：

Chromosome# Chr chr Size    UCSC NCBI36/hg18    NCBIBuild36 NCBIBuild37
1   Chr1    chr1    247199719   247249719   247249719   249250621
2   Chr2    chr2    242751149   242951149   242951149   243199373

命令：

chromosomes <- read.csv(chromFile, sep="\t",skip =0, header = TRUE,  )

我想首先寻找一种方法来读取文件，因为它不需要用其他可读符号替换空格或#。

【问题讨论】：

标签： r import read.table

【解决方案1】：

来自文档 (?read.csv)：

comment.char 字符：长度为 1 的字符向量，包含单个字符或空字符串。使用 "" 完全关闭对 cmets 的解释。

默认是comment.char = "#"，这给你带来了麻烦。按照文档，您应该使用comment.char = ""。

标题中的空格是另一个问题，正如 mrdwab 所指出的，可以通过设置 check.names = FALSE 来解决。

chromosomes <- read.csv(chromFile, sep = "\t", skip = 0, header = TRUE,
                        comment.char = "", check.names = FALSE)

【讨论】：

添加check.names = FALSE 然后我认为答案就是他们想要的。
谢谢..comment.char="" 和 check.names=False 的组合