在R中的数据框中搜索字符串列表答案

【问题标题】：Searching for a list of string in a dataframe in R在R中的数据框中搜索字符串列表
【发布时间】：2017-07-27 13:30:00
【问题描述】：

我有一个名称列表和一个包含许多不同列的 data.frame。如何在数据框中检索其 row.name 是我列表中的名称之一的行？

例如，如果我的数据框中的 row.names 有很多行，包括 TC09001536.hg.1 、 TC03002852.hg.1 和 TC18000664.hg.1 名称，它们保存在名为 Top.list 的列表中。假设我的数据框被称为 df 然后我尝试了：

test <- df[grep(Top.list, df$cluster_id),]

在cluster_id 列中查找，如果与我列表中的名称匹配，则给我整行。

【问题讨论】：

我不太明白你的问题，但如果你想在top.list 中获得row.names 的df，那么你会做df[row.names(df) %in% top.list,]

标签： r dataframe

【解决方案1】：

这应该可行：

test <- df[unlist(lapply(Top.list, function(x) grep(x, df$cluster_id, fixed = TRUE))),]

lapply(Top.list, function(x) grep(x, df$cluster_id, fixed = TRUE)) 部分为您的每个单词生成一个包含匹配行号的向量的列表，unlist 将向量组合成一个向量，您的数据帧将从该向量中被子集。

【讨论】：

非常感谢里奥。如果 Top.list 中的字符串是另一个 data.frame 的 row.name，例如 row.names(df2) 而不是代码中的 Top.list，这是否也有效？
该代码适用于我能想到的每个向量/对应字符串的列表。您想在另一个数据框的行名中搜索一个数据框的行名，还是在变量cluster_id 中再次搜索？
是的，变量 cluster_id 中一个数据帧的行名。
是的，应该和上面一样。只需输入rownames(df) 而不是Top.list。
我正在尝试在 data.frame2 的变量“external_gene”中查找 data.frame1 的一列中的字符串，并从 data.frame 2 中提取所有匹配的行。因为我有我的data.frame中有52列，我想对变量“external_gene from data.frame2”中的重命名列执行类似的搜索。无法让 grep 函数完成这项工作。我该怎么做？非常感谢。