我是这样读取 excel 文件的：
data = sc.read_excel('/Users/user/Desktop/CSVB.xlsx',sheet= 'Sheet1', dtype= object)
我需要将这个数据集中的 3 列作为 .obs 使用，但看起来一切都在 .X 数据矩阵中。
有人在读入文件后成功进行子集化，还是我需要事先做些什么？
【问题讨论】：
sc 是什么？描述data。 AnnData?
sc 这里是 scanpy 的导入。
好的，所以假设sc 代表scanpy 包，read_excel 只是将第一行作为.var，将第一列作为 AnnData 对象的.obs。
read_excel 返回的data 可以稍作调整以获得您想要的。
假设您想要在.obs 中的三列的索引存储在idx 变量中。
idx = [1,2,4]
现在，.obs 只是一个 Pandas DataFrame，data.X 只是一个 Numpy 矩阵 (see here)。因此，这项工作很简单。
# assign some names to the new columns
new_col_names = ['C1', 'C2', 'C3']
# add the columns to data.obs
data.obs[new_col_names] = data.X[:,idx]
如果您可能希望从 data.X 中删除 idx 列，我建议为此创建一个新的 AnnData 对象。
【讨论】：