一起运行 R Markdown (check.Rmd) 和 R knitr (test.Rnw) 文件

Question

我有以下问题；有 2 个大文件，一个写在 R Markdown (check.Rmd) 和另一个写在 R knitr (test.Rnw)。在第一个文档中，我们有如下代码：

\section{Organisations Test}

\textbf{Running Organisations Checks}

<<CreateOrganisations, echo=FALSE, progress=TRUE, warning=FALSE, eval=TRUE>>=
source("OrganisationsTest.R")
OrganisationsTest(current_schema,server,user,pass)

@

另外一个如下：

  2. check the downwards shock
```{r chunk_Int_Sh_p2,  echo=FALSE}
unique(param.int.shock.tab[SHOCKTYPE=="SHOCK_DOWN"&PERIODEND<21|PERIODEND==90, list( Maturity=PERIODEND, Shock_value=100*SHOCKVALUE)])
``` 

现在的问题是：我怎样才能将两者结合起来，以便我只有一个脚本可以一个接一个地运行和编译。只是为了澄清，我的意思是两个文档都没有任何变化，我怎么能只有一个脚本适用于第一个文档 knit PDF 来创建 pdf 和另一个 CompilePDF ？

我想在 Linux 中可以编写一个 shell 脚本，但在 windows 中使用 RStudio 又如何呢？ 我真的很感谢每一个提示我有点无助！

附录：原则上如下：我们有2个文件，如果你要编译一个knitr文件，你会在RStudio中使用bottom，对于Markdown文件，可以使用@987654322 @RStudio 中的底部，但我们想将两者放在一起并单击一个底部。怎么可能？

Answer 1

RStudio 按钮“Compile PDF”（用于 RNW 文档）和“Knit PDF”（用于 RMD 文档）很方便，但在这种情况下，了解它们的作用很重要为了重现相同或相似的行为。

总结问题，它要求一种将两个文件（一个 RMD 和一个 RNW 文档）转换为 PDF 的方法，最好使用上面提到的两个按钮。

不幸的是，（据我所知）无法将任何用户定义的按钮添加到 RStudio GUI。但是编写一个编译两个文档的 R 脚本很简单。

下面我假设两个文件：

• first.Rmd：

  This is a RMD file.
  
  ```{r, echo=FALSE}
  plot(1)
  ```
  

• second.Rnw:

  \documentclass{article}
  \begin{document}
  
  This is a RNW file.
  
  <<>>=
  plot(1)
  @
  \end{document}
  

要将first.Rmd 编译为PDF，我们需要以下内容（参见How to convert R Markdown to PDF?）：

library(knitr)
library(rmarkdown)

knit(input = "first.Rmd")
render(input = "first.md", output_format = "pdf_document")

knit 调用从 first.Rmd 生成 first.md，执行块中的 R 代码。 render 将生成的 markdown 文件转换为 PDF。 [注意底部的附录！]

要将first.Rnw编译为PDF，我们可以简单地使用knit2pdf：

knit2pdf("second.Rnw")

将两个 sn-ps 复制到一个 R 脚本中并单击“源”尽可能接近“一键解决方案”。

但是，请注意，sn-ps 所做的事情与“编译/编织 PDF”按钮非常相似，但它不完全相同。 “编译”按钮启动一个新的 R 会话，而上面的解决方案使用 当前会话。

• 在执行 sn-ps 之前，请确保使用正确的工作目录。
• 默认情况下knit 和knit2pdf 都使用envir = parent.frame()。这意味着块中的 R 代码在 calling 环境中执行（参见 What is the difference between parent.frame() and parent.env() in R）。这可能是一个有用的功能，例如将变量“传递”到块，但了解它很重要。否则，文档可能在一个会话中编译得很好（调用环境中存在某些变量），但不能在另一个会话中编译（即缺少这些变量）。因此，就再现性而言，此功能有点危险。作为解决方案，可以使用envir = new.env(parent = as.environment(2))；有关该主题的更多详细信息，请参阅 knitr inherits variables from a user's environment, even with envir = new.env()。

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我刚刚意识到要关注render：

如果输入需要编织，则在 pandoc 之前调用 knit。

（来源：?render）

因此，knit(input = "first.Rmd"); render(input = "first.md", output_format = "pdf_document") 可以简化为render(input = "first.Rmd", output_format = "pdf_document")。上述knit 的envir 问题也适用于render。