使用 SSH 提交时无法识别 R 命令答案

【问题标题】：R Command not recognized when submitted with SSH使用 SSH 提交时无法识别 R 命令
【发布时间】：2015-05-03 12:46:50
【问题描述】：

我在远程主机上提交了一个 shell 脚本，该脚本又提交了一个 R 脚本，但是错误 R: command not found 或 Rscript: command not found（取决于我是否尝试了 R CMD BATCH 或 Rscript）。

我尝试过以下几种方式提交：

 ssh <remote-host> exec $HOME/test_script.sh

 ssh <remote-host> `sh $HOME/test_script.sh`

脚本test_script.sh 包含（也尝试过Rscript）：

#!/bin/sh

Rscript --no-save --no-restore $HOME/greetme.R

exit 0

脚本greetme.R 仅包含cat("Hello\n")。

我心慌的原因是当我登录remote-host并使用sh $HOME/test_script.sh提交原始脚本时，它按预期运行。

本地和远程主机的系统规格和 R 版本相同：

> R.version
               _                           
platform       x86_64-unknown-linux-gnu    
arch           x86_64                      
os             linux-gnu                   
system         x86_64, linux-gnu           
status                                     
major          3                           
minor          1.0                         
year           2014                        
month          04                          
day            10                          
svn rev        65387                       
language       R                           
version.string R version 3.1.0 (2014-04-10)
nickname       Spring Dance

为什么 Linux 拒绝识别命令？

我更喜欢使用R CMD BATCH 或Rscript 的解决方案，但如果有使用littler 或%R_TERM% 的已知解决方法，我也想听听。

我用这个相关的问题作为参考，以及cmets中引用的文档：R.exe, Rcmd.exe, Rscript.exe and Rterm.exe: what's the difference?

编辑解决方案：

正如@merlin2011 所建议的，一旦我在test_script.sh 中指定了完整路径，一切都会按预期进行：

#!/bin/sh

/opt/R/bin/Rscript --no-save --no-restore $HOME/greetme.R

exit 0

我也通过提供的建议得到了路径：

$ which Rscript
/opt/R/bin/Rscript

【问题讨论】：

你试过R --slave -f script.R --args arg1 arg2 ..

标签： linux r ssh

【解决方案1】：

您似乎遇到了PATH 问题，当您尝试通过ssh 运行命令时，R 不在您的PATH 上。

如果您在远程主机上指定R 和Rscript 的完整路径，应该可以解决问题。

如果您不确定完整路径是什么，请尝试登录服务器并运行which R 以获取路径。

【讨论】：