Linux 将长格式转为宽格式答案

【问题标题】：Linux transpose long format to wide formatLinux 将长格式转为宽格式
【发布时间】：2016-06-14 07:48:13
【问题描述】：

我希望使用 awk 语句或 Python 从长格式转置文件。

我的输入文件看起来像这样；

ID Chr_Position Geno
111 1_1234 0
111 1_12345 1
111 1_2345 0
111 2_23245 2

我需要的输出是（不一定需要标题）

ID 1_1234 1_12345 2_2345
111 0 1 0 2
112 1 1 1 1
113 1 1 0 2

它们是大文件，包含超过 100,000 个 ID，每个 ID 超过 10,000 行，但如果需要可以拆分成更小的文件。我以前的代码会转置行和列，但不知道如何从长格式中获取它。

【问题讨论】：

为什么您的标题行中没有1_2345 和2_23245？ 2_2345 是从哪里出现的？ 112 和 113 行从哪里出现在您的输出中（如果答案来自您的输入文件，则编辑您的示例输入文件以包含它们）？

标签： python linux awk transpose

【解决方案1】：

知道如何根据您发布的输入文件生成您发布的输出，但也许这会帮助您走上正轨：

$ cat tst.awk
NR==1 { next }
$1 != prev { if (line!="") print prev line; line=""; prev=$1 }
{ line = line OFS $NF }
END { if (line!="") print prev line }

$ awk -f tst.awk file
111 0 1 0 2

【讨论】：

【解决方案2】：

如果您的数据结构良好（相同数量的列/行，相同的顺序，一致的分隔符），您可以试试这个

$ sed 1d file | pr -4ats' ' | cut -d' ' -f1,3,6,9,12

111 0 1 0 2
112 1 0 4 3

用于测试数据文件

$ cat file

ID Chr_Position Geno
111 c1 0
111 c2 1
111 c3 0
111 c4 2
112 c1 1
112 c2 0
112 c3 4
112 c4 3

【讨论】：