matplotlib - 在 CentOS 上安装 - setup.py 构建失败答案

【问题标题】：matplotlib - installing on CentOS - setup.py build failsmatplotlib - 在 CentOS 上安装 - setup.py 构建失败
【发布时间】：2013-12-12 13:21:23
【问题描述】：

尝试安装 matplotlib（1.1.0 在 CentOS 上使用 python 2.7.3）

python setup.py 构建

看起来不错，直到：

running build_ext
building 'matplotlib.ft2font' extension
gcc -pthread -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -fPIC -DPY_ARRAY_UNIQUE_SYMBOL=MPL_ARRAY_API -DPYCXX_ISO_CPP_LIB=1 -I/mnt/storage/laviniag/Tools/Qiime/qiime_software/numpy-1.5.1-release/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include -I/usr/include/freetype2 -I/usr/local/include -I/usr/include -I. -I/mnt/storage/laviniag/Tools/Qiime/qiime_software/python-2.7.3-release/include/python2.7 -c src/ft2font.cpp -o build/temp.linux-x86_64-2.7/src/ft2font.o
gcc -pthread -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -fPIC -DPY_ARRAY_UNIQUE_SYMBOL=MPL_ARRAY_API -DPYCXX_ISO_CPP_LIB=1 -I/mnt/storage/laviniag/Tools/Qiime/qiime_software/numpy-1.5.1-release/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include -I/usr/include/freetype2 -I/usr/local/include -I/usr/include -I. -I/mnt/storage/laviniag/Tools/Qiime/qiime_software/python-2.7.3-release/include/python2.7 -c src/mplutils.cpp -o build/temp.linux-x86_64-2.7/src/mplutils.o
gcc -pthread -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -fPIC -DPY_ARRAY_UNIQUE_SYMBOL=MPL_ARRAY_API -DPYCXX_ISO_CPP_LIB=1 -I/mnt/storage/laviniag/Tools/Qiime/qiime_software/numpy-1.5.1-release/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include -I/usr/include/freetype2 -I/usr/local/include -I/usr/include -I. -I/mnt/storage/laviniag/Tools/Qiime/qiime_software/python-2.7.3-release/include/python2.7 -c CXX/cxx_extensions.cxx -o build/temp.linux-x86_64-2.7/CXX/cxx_extensions.o
gcc -pthread -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -fPIC -DPY_ARRAY_UNIQUE_SYMBOL=MPL_ARRAY_API -DPYCXX_ISO_CPP_LIB=1 -I/mnt/storage/laviniag/Tools/Qiime/qiime_software/numpy-1.5.1-release/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include -I/usr/include/freetype2 -I/usr/local/include -I/usr/include -I. -I/mnt/storage/laviniag/Tools/Qiime/qiime_software/python-2.7.3-release/include/python2.7 -c CXX/IndirectPythonInterface.cxx -o build/temp.linux-x86_64-2.7/CXX/IndirectPythonInterface.o
gcc -pthread -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -fPIC -DPY_ARRAY_UNIQUE_SYMBOL=MPL_ARRAY_API -DPYCXX_ISO_CPP_LIB=1 -I/mnt/storage/laviniag/Tools/Qiime/qiime_software/numpy-1.5.1-release/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include -I/usr/include/freetype2 -I/usr/local/include -I/usr/include -I. -I/mnt/storage/laviniag/Tools/Qiime/qiime_software/python-2.7.3-release/include/python2.7 -c CXX/cxxsupport.cxx -o build/temp.linux-x86_64-2.7/CXX/cxxsupport.o
gcc -pthread -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -fPIC -DPY_ARRAY_UNIQUE_SYMBOL=MPL_ARRAY_API -DPYCXX_ISO_CPP_LIB=1 -I/mnt/storage/laviniag/Tools/Qiime/qiime_software/numpy-1.5.1-release/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include -I/usr/include/freetype2 -I/usr/local/include -I/usr/include -I. -I/mnt/storage/laviniag/Tools/Qiime/qiime_software/python-2.7.3-release/include/python2.7 -c CXX/cxxextensions.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/CXX/cxxextensions.o
g++ -pthread -shared build/temp.linux-x86_64-2.7/src/ft2font.o build/temp.linux-x86_64-2.7/src/mplutils.o build/temp.linux-x86_64-2.7/CXX/cxx_extensions.o build/temp.linux-x86_64-2.7/CXX/IndirectPythonInterface.o build/temp.linux-x86_64-2.7/CXX/cxxsupport.o build/temp.linux-x86_64-2.7/CXX/cxxextensions.o -L/usr/local/lib -L/usr/lib -L/usr/local/lib64 -L/usr/lib64 -L/mnt/storage/laviniag/Tools/Qiime/qiime_software/python-2.7.3-release/lib -lfreetype -lz -lstdc++ -lm -lpython2.7 -o build/lib.linux-x86_64-2.7/matplotlib/ft2font.so
**/usr/bin/ld: /usr/local/lib/libpython2.7.a(parsetok.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata.str1.1' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
/usr/local/lib/libpython2.7.a: could not read symbols: Bad value
collect2: ld returned 1 exit status
error: command 'g++' failed with exit status 1**

所以我猜我需要编辑配置文件以允许共享？任何帮助表示赞赏，谢谢。

【问题讨论】：

您是否将 Python 构建为 64 位？
好问题，不知道，我刚刚用 yum 更新了。
Python 2.7 不能通过 yum 安装，当然不能在 /usr/local 下安装。
对不起，是的，你是对的。它是通过qiime deploy (github.com/qiime/qiime-deploy) 安装的。
我不知道那是做什么的。也许你应该通过它安装 matplotlib。

标签： python linux matplotlib centos

【解决方案1】：

matplotlib 是一个很难安装的软件包，还有很多其他的（咳咳……lxml、pyside/pyqt4 等）。

为自己省点麻烦，然后检查其中一个预制件。来自 continuum 的 Anaconda 或来自 enthought 的 canopy 在 cetos 上很好，并且会为您省去很多麻烦（免费安装）。

【讨论】：

在linux上安装也不错，只需要安装正确的-dev版本的依赖项
谢谢 Phil Cooper，我会研究 Anaconda。部分问题是机器上的默认 python 是 2.6.6，没有其他人想要更新，而 qiime 想要 2.7.3，因此需要两个安装。

【解决方案2】：

只要使用 pip 和 virtualenv，它应该可以正常工作（CentOS-6.5、x86_64、python-2.6）Installing Matplotlib on CentOS 6.5

【讨论】：