按顺序连接文件 Linux 命令答案

【问题标题】：Concatenate Files In Order Linux Command按顺序连接文件 Linux 命令
【发布时间】：2013-10-23 16:41:42
【问题描述】：

我刚开始学习使用命令行。希望这不是一个转储问题。

我的目录中有以下文件：

L001_R1_001.fastq 
L002_R2_001.fastq 
L004_R1_001.fastq 
L005_R2_001.fastq
L001_R2_001.fastq 
L003_R1_001.fastq 
L004_R2_001.fastq 
L006_R1_001.fastq
L002_R1_001.fastq 
L003_R2_001.fastq 
L005_R1_001.fastq 
L006_R2_001.fastq

从文件名中可以看出，它是R1和R2的混合，L00后面的数字没有排序。

我想按文件名顺序连接文件，分别用于 R1 和 R2 文件。

如果我手动执行，它将如下所示：

# for R1 files
cat L001_R1_001.fastq L002_R1_001.fastq L003_R1_001.fastq L004_R1_001.fastq L005_R1_001.fastq L006_R1_001.fastq > R1.fastq


# for R2 files
cat L001_R2_001.fastq L002_R2_001.fastq L003_R2_001.fastq L004_R2_001.fastq L005_R2_001.fastq L006_R2_001.fastq > R2.fastq

你能帮我写一个我以后可以重复使用的脚本吗？谢谢！

【问题讨论】：

嗯，你的 shell 的glob 有顺序吗？因为你可以使用cat *_R1_*.fastq > R1.fastq 然后......

标签： linux sorting cat fastq

【解决方案1】：

cat `ls -- *_R1_*.fastq | sort` >R1.fastq
cat `ls -- *_R2_*.fastq | sort` >R2.fastq

大多数系统不需要| sort，因为ls 按名称对文件进行排序。

如果文件名中包含空格，则先这样做：

IFS='
'

【讨论】：

我认为使用ls 和sort 是多余的
sort 将对输入的行进行排序。考虑改用 ls -1。此外，执行版本排序可能是个好主意：sort -V
-1 for ls 是多余的，ls 在写入管道时每行写入一个文件名。

【解决方案2】：

尝试使用通配符*。它将按字母顺序自动扩展文件名。

cat L*_R1_001.fastq > R1.fastq
cat L*_R2_001.fastq > R2.fastq

编辑：

如果上述命令没有提供所需的排序，请尝试使用LC_ALL=C 覆盖区域设置，如Fredrik Pihl 所建议的那样

LC_ALL=C cat L*_R1_001.fastq > R1.fastq

【讨论】：

可能提示使用LC_ALL=C cat L*_R1_001.fastq > R1.fastq，所以由于语言环境不同而不会发生有趣的事情
@FredrikPihl 感谢您的反馈。我在ans中添加了你的建议。
不能保证* 对文件名进行排序。为此使用ls。
@Fredrik Pihl: LC_ALL=C 对* 中的排序和匹配没有影响，因为shell 在应用环境变量更改之前扩展*。