【问题标题】：Installing a package offline from GitHub从 GitHub 离线安装包
【发布时间】：2016-01-15 17:15:03
【问题描述】：

我正在尝试将一些包移植到离线 (Windows) 计算机上的 R 安装。

从 CRAN（假设为 data.table），过程：1）在单独的在线计算机上下载 .zip 2）拇指驱动器 -> 离线计算机 3）通过 install.packages("....zip"...) 安装完全符合预期。

但是，当我尝试从 GitHub 安装时，此过程中断。

当我在 zip 文件上运行 install.packages（注意：我正在使用 type="binary" 和 repos=NULL；type="win.binary" 也不执行任何操作）时（通过转到包页面获得，例如 https://github.com/Rdatatable/data.table，并且使用“下载.zip”功能），出了点问题。

没有错误消息（设置 verbose=TRUE 没有任何新信息），并且包文件夹被添加到我的库中（即，当我导航到那里时，我可以看到名为“data.table-master”的文件夹），但是library(data.table) 导致错误：“没有名为 data.table 的包”。我还注意到，虽然从 CRAN 的安装以“成功解压缩包 data.table 并检查 MD5 总和”结束，但尝试 GitHub 安装时没有收到此类消息。

这里发生了什么？我在?install.packages 中尝试了所有可能的线索，但鉴于我并没有真正收到错误消息，因此很难诊断出究竟是什么问题。

更多背景：R 版本是 3.2.0。难以复制粘贴sessionInfo，因为那台计算机不在线，不确定还有什么相关的。

更新：

鉴于下面的@r2evans 的 cmets，我还尝试将 type="source" 与 install.packages 一起使用，但这也不起作用（同样的问题 - 尽管我的 @987654336 之一中有“data.table-master”文件夹@address，library(data.table) 给出没有这样的包的错误）。

不过，这次使用verbose=TRUE 确实获得了更多输出：

系统（cmd0）：C:/PROGRA~1/R/R-32~1.0/bin/x64/R CMD INSTALL

1): 成功'C:/PROGRA~1/R/R-32~1.0/bin/x64/R CMD INSTALL -l "C:\Users\Mike\Documents\R\win-library\3.2" "E:/data.table-master.zip"'

【问题讨论】：

从 GH 下载的包不是以“源”形式而不是“二进制”形式下载的吗？
@r2evans 我得试试看。鉴于 CRAN 和 GH 都生成 .zip 文件夹，我不能说我理解其中的区别。我最初的通行证是使用type="both"，但是当repos="NULL" 时这是一个错误，所以我不会抓住这个。
R 通常在zip 文件中分发二进制包，在tar.gz 文件中分发源包，但这并不意味着在zip 文件中分发的所有内容都是二进制包。查看两种格式的另一个包（不是来自 GH），并在内部查看差异。
从 github 下载 zip 只是一个压缩文件夹，其中包含 repo 中的文件。 install_github 从源代码下载并安装（这就是为什么您还必须安装开发工具才能使其工作）。也许令人困惑的是，当从 Windows（二进制）构建时，您还会得到一个 .zip 文件，可以用于安装包，因为这些文件已经通过 R CMD build/R CMD 检查，但那些不是您从 gethub 获取的相同 .zip 文件。这是问题的要点吗？
@MichaelChirico 适用于二进制 .zip 包。对于源 .tar.gz 或来自 github 的文件夹，您需要安装 r 工具或为特定平台构建 r 包所需的任何东西

标签： r

【解决方案1】：

假设您在 win 机器上安装了 Rtools 和 devtools。

第一步：Download the source zip.

第2步：复制到win机并解压其中的内容。

第 3 步：运行以下代码（根据需要调整路径）：

library(devtools)
source <- devtools:::source_pkg("E:/temp/data.table-master")
install(source)

library(data.table)
#loads 1.9.7

【讨论】：

我真傻，看来 RTools 是问题的根源。 source_pkg 有什么意义？我能够运行install.packages("F:\\path\\to\\package\\", repos = NULL, type = "source")。我问是因为devtools 有一系列依赖项，每个依赖项都很难在离线机器上安装......通过额外的圈套获得devtools 有什么好处吗？
我提供了一个替代方案，因为您声称 install.packages 不适用于从源代码安装（我没有尝试过）。很好，你解决了这个问题。

【解决方案2】：

您可以使用 devtools 中的 install_local 来安装带有您下载的 zip 的 Github 包，例如：

library("devtools")
install_local(path = "data.table-master.zip")

但您必须先安装所有依赖项。

【讨论】：

【解决方案3】：

不确定这是解决方案还是解决方法。给定一个 R 包目录结构源的 zip 文件：

在外壳上：

~$ unzip data.table-master.zip
## optional renaming
~$ mv data.table-master data.table
## create the new
~$ tar czf data.table.tar.gz data.table

可能还有其他工具可以让您以不同的格式提取和重新归档它们。由于我倾向于 shell 级别的访问和控制，因此我倾向于使用这些简单的工具。

在 R 中：

install.packages("data.table.tar.gz", type="source", repos=NULL)

（除非已安装所有依赖项，否则此操作不会成功。）

【讨论】：

为了清楚起见（因为我现在不在电脑前测试）你建议我从 Linux（或其他终端友好的机器）下载 zip，重新 tar从命令行，然后将此重新压缩的文件传输到离线计算机并安装为"source"?顺便说一句，感谢您迄今为止的帮助！
这种方法对我来说失败了； “运行命令"C:/PROGRA~1/R/R-32~1.0/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:\Users\Mike\Documents\R\win-library\3.2" "E:/data.table.tar.gz" 状态为 1”； this 我发现的问题似乎表明解决方案是将文件重新转换为 zip TT

【解决方案4】：

以下函数将位于 path 的 GitHub .zip 文件提取到临时目录并直接从那里安装包，即不创建临时 .tar.gz 存档。该函数尝试猜测包名，但也可以通过pkg 给出。临时文件在退出时被删除。

此函数不安装任何依赖项。

install_zip <- function(path,
                        pkg = sub("(-[^-]+)?\\.[^.]+$", "", basename(path))) {
    dir1 <- tempfile()
    dir2 <- file.path(dir1, pkg)
    dir.create(dir2, recursive = TRUE)
    on.exit(unlink(dir1, recursive = TRUE, force = TRUE))
    suppressMessages(unzip(path, exdir = dir2,
                           unzip = getOption("unzip")))
    temp_contents <- dir(dir2)
    if (length(temp_contents) == 1L) {
        dir3 <- file.path(dir2, temp_contents)
        if (file.info(dir3, extra_cols=FALSE)[["isdir"]]) {
            dir2 <- file.path(dir2, pkg)
            file.rename(dir3, dir2)
        }
    }
    install.packages(dir2, repos = NULL, type = "source")
}

【讨论】：

【解决方案5】：

所以我终于想出了一个在某些情况下有效的解决方法……但不可否认，它有点笨拙。希望听到一些关于如何使这种方法适用于任何包的反馈。

由于我有一个包，其中所有代码都在一个 .R 文件中，因此我为该包伪造了一个包环境，并将函数源引入了该环境。假设包都在test.R:

#add an appropriately named package to the search() path
attach(environment(), name = "package:pkg")

#source the functions
sys.source("test.R", envir = as.environment("package:pkg"))

瞧。我不太了解如何加载包来说明如何执行此操作，例如，如果包在 C 或其他内容中有 src 代码。

【讨论】：