Python 包设置：setup.py 自定义处理包装的 fortran

Question

我有一个要分发的 python 包。我已经设置了包，可以下载压缩包，解压缩并安装它：

python setup.py install

效果很好。

我还想将包上传到 PyPi，并使其能够使用 pip 安装。

但是，该软件包包含 f2py 包装的 fortran，需要在构建时进行编译，并将生成的 .so 文件移至最终安装文件夹。我很困惑如何使用：

python3 setup.py sdist

接着是：

pip3 install pkg_name_here.tar.gz

原因是当我跑步时

python3 setup.py sdist

自定义命令正在运行，其中一部分是试图将已编译的 *so 文件移动到尚未创建的安装文件夹中。我使用的代码大纲示例在此示例中here：

from setuptools.command.install import install
from setuptools.command.develop import develop
from setuptools.command.egg_info import egg_info

'''
BEGIN CUSTOM INSTALL COMMANDS
These classes are used to hook into setup.py's install process. Depending on the context:
$ pip install my-package

Can yield `setup.py install`, `setup.py egg_info`, or `setup.py develop`
'''


def custom_command():
    import sys
    if sys.platform in ['darwin', 'linux']:
        os.system('./custom_command.sh')


class CustomInstallCommand(install):
    def run(self):
        install.run(self)
        custom_command()


class CustomDevelopCommand(develop):
    def run(self):
        develop.run(self)
        custom_command()


class CustomEggInfoCommand(egg_info):
    def run(self):
        egg_info.run(self)
        custom_command()

'''
END CUSTOM INSTALL COMMANDS 
'''

setup(
    ...
    cmdclass={
        'install': CustomInstallCommand,
        'develop': CustomDevelopCommand,
        'egg_info': CustomEggInfoCommand,
    },
    ...
)

在我的例子中，custom_command() 编译和包装 fortran 并将 lib 文件复制到安装文件夹。

我想知道的是，是否有办法只在使用 pip 安装期间运行这些自定义命令？即避免 custom_command() 在打包过程中运行，并且只在安装过程中运行。

更新

按照 Pierre de Buyl 的建议，我取得了一些进展，但仍然没有这个工作。

setup.py 文件目前看起来像：

 def setup_f90_ext(parent_package='',top_path=''):
    from numpy.distutils.misc_util import Configuration
    from os.path import join

    config = Configuration('',parent_package,top_path)

    tort_src = [join('PackageName/','tort.f90')]
    config.add_library('tort', sources=tort_src,
                          extra_f90_compile_args=['-fopenmp -lgomp -O3'],
                          extra_link_args=['-lgomp'])

    sources = [join('PackageName','f90wrap_tort.f90')]

    config.add_extension(name='',
                          sources=sources,
                          extra_f90_compile_args=['-fopenmp -lgomp -O3'],
                          libraries=['tort'],
                          extra_link_args=['-lgomp'],
                          include_dirs=['build/temp*/'])

    return config

if __name__ == '__main__':

    from numpy.distutils.core import setup
    import subprocess
    import os
    import sys

    version_file = open(os.getcwd()+'/PackageName/'+ 'VERSION')
    __version__ = version_file.read().strip()


    subprocess.call(cmd, shell=True)

    config = {'name':'PackageName',
              'version':__version__,
              'project_description':'Package description',
              'description':'Description',
              'long_description': open('README.txt').read(),#read('README.txt'),
}
    config2 = dict(config,**setup_f90_ext(parent_package='PackageName',top_path='').todict())
    setup(**config2)   

其中 f90wrap_tort.f90 是 f90wrapped fortran 文件，而 tort.f90 是原始 fortran。

如果我运行该命令两次，则此文件适用于 python setup.py install

我第一次运行python setup.py install 时出现以下错误：

    gfortran:f90: ./PackageName/f90wrap_tort.f90
f951: Warning: Nonexistent include directory ‘build/temp*/’ [-Wmissing-include-dirs]
./PackageName/f90wrap_tort.f90:4:8:

     use tort_mod, only: test_node
        1
Fatal Error: Can't open module file ‘tort_mod.mod’ for reading at (1): No such file or directory
compilation terminated.
f951: Warning: Nonexistent include directory ‘build/temp*/’ [-Wmissing-include-dirs]
./PackageName/f90wrap_tort.f90:4:8:

     use tort_mod, only: test_node
        1
Fatal Error: Can't open module file ‘tort_mod.mod’ for reading at (1): No such file or directory

我将include_dirs=['build/temp*/'] 参数放在扩展中的原因是因为我在第一次运行python setup.py install 后注意到tort_mod 被构建并存储在那里。

我想不通的是如何使链接正确，以便一步完成。

谁能看到我错过了什么？

Answer 1

经过一番谷歌搜索，我建议如下：

1. 使用 NumPy 的 distutils
2. 对普通的 Fortran 文件使用 add_library 关键字（见 here）。这会将 Fortran 文件构建为库，但不会尝试使用 f2py 与它们交互。
3. 使用 f90wrap 预构建 f90 包装器，将它们包含在您的包存档中，并将这些文件指定为扩展中的源。

我没有测试整个解决方案，因为它有点耗时，但这是 SciPy 为他们的一些模块所做的，请参阅 here。

NumPy 的文档有一项超过 add_library

编辑 1：使用 include_dirs=['build/temp.linux-x86_64-2.7']) 配置构建后，我在第一次构建尝试时获得此目录结构。

build/lib.linux-x86_64-2.7
├── crystal_torture
│   ├── cluster.py
│   ├── dist.f90
│   ├── f90wrap_tort.f90
│   ├── graph.py
│   ├── __init__.py
│   ├── minimal_cluster.py
│   ├── node.py
│   ├── node.pyc
│   ├── pymatgen_doping.py
│   ├── pymatgen_interface.py
│   ├── tort.f90
│   ├── tort.py
│   └── tort.pyc
└── crystal_torture.so