pip install numpy 的问题 - RuntimeError: Broken toolchain: cannot link a simple C program答案

【问题标题】：Problems with pip install numpy - RuntimeError: Broken toolchain: cannot link a simple C programpip install numpy 的问题 - RuntimeError: Broken toolchain: cannot link a simple C program
【发布时间】：2014-04-18 18:30:55
【问题描述】：

我正在尝试将 numpy（以及 scipy 和 matplotlib）安装到 virturalenv 中。

我不断收到这些错误：

RuntimeError: Broken toolchain: cannot link a simple C program

----------------------------------------
Cleaning up...
Command python setup.py egg_info failed with error code 1

我已经安装了 xcode 的命令行工具

$ which gcc
/usr/bin/gcc
$ which cc
/usr/bin/cc

我使用的是 Mac OSX 10.9 使用 brew 安装的 python

编辑
是的，尝试使用 pip 安装。
整个回溯很大（>400 行）

这是其中的一部分：

C compiler: cc -fno-strict-aliasing -fno-common -dynamic -arch x86_64 -arch i386 -g -Os -pipe -fno-common -fno-strict-aliasing -fwrapv -mno-fused-madd -DENABLE_DTRACE -DMACOSX -DNDEBUG -Wall -Wstrict-prototypes -Wshorten-64-to-32 -DNDEBUG -g -fwrapv -Os -Wall -Wstrict-prototypes -DENABLE_DTRACE -arch x86_64 -arch i386 -pipe



compile options: '-Inumpy/core/src/private -Inumpy/core/src -Inumpy/core -Inumpy/core/src/npymath -Inumpy/core/src/multiarray -Inumpy/core/src/umath -Inumpy/core/src/npysort -Inumpy/core/include -I/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/include/python2.7 -c'

cc: _configtest.c

clang: error: unknown argument: '-mno-fused-madd' [-Wunused-command-line-argument-hard-error-in-future]

clang: note: this will be a hard error (cannot be downgraded to a warning) in the future

clang: error: unknown argument: '-mno-fused-madd' [-Wunused-command-line-argument-hard-error-in-future]

clang: note: this will be a hard error (cannot be downgraded to a warning) in the future

failure.

removing: _configtest.c _configtest.o

Traceback (most recent call last):

  File "<string>", line 17, in <module>

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/setup.py", line 192, in <module>

    setup_package()

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/setup.py", line 185, in setup_package

    configuration=configuration )

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/core.py", line 169, in setup

    return old_setup(**new_attr)

  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/core.py", line 152, in setup

    dist.run_commands()

  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 953, in run_commands

    self.run_command(cmd)

  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 972, in run_command

    cmd_obj.run()

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/command/egg_info.py", line 10, in run

    self.run_command("build_src")

  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/cmd.py", line 326, in run_command

    self.distribution.run_command(command)

  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/distutils/dist.py", line 972, in run_command

    cmd_obj.run()

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/command/build_src.py", line 153, in run

    self.build_sources()

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/command/build_src.py", line 164, in build_sources

    self.build_library_sources(*libname_info)

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/command/build_src.py", line 299, in build_library_sources

    sources = self.generate_sources(sources, (lib_name, build_info))

  File "/Users/bdhammel/Documents/research_programming/julia_env/build/numpy/numpy/distutils/command/build_src.py", line 386, in generate_sources

    source = func(extension, build_dir)

  File "numpy/core/setup.py", line 674, in get_mathlib_info

    raise RuntimeError("Broken toolchain: cannot link a simple C program")

RuntimeError: Broken toolchain: cannot link a simple C program

【问题讨论】：

请在RuntimeError 行上方显示几行，以便我们查看哪些命令失败。另外，您是通过pip 安装还是直接构建源代码？
罗杰那个，现在编辑
大声笑@“无法链接简单的 C 程序”。这么牛逼！

标签： python numpy virtualenv pip

【解决方案1】：

老线程，我的问题是我没有安装 Xcode。以下解决了它。

xcode-select --install

【讨论】：

【解决方案2】：

我通过在我的 Dockerfile 中使用 Conda 而不是 pip 解决了这个问题： FROM continuumio/miniconda3:latest

【讨论】：

【解决方案3】：

就我而言，这发生在 docker 构建期间。问题是基础镜像没有固定到特定的python版本，numpy不能用新版本编译。

FROM python:3-slim  # BAD

在我将其更改为以下内容后，它起作用了：

FROM python:3.8-slim  # GOOD

记得修复你的版本！ :-)

【讨论】：

今天我也遇到了同样的事情。看起来他们在 3.9.0 中删除了 c 编译器 + 相关的 make 实用程序。

【解决方案4】：

对于 Docker (Alpine) 和 Python 3.x，这对我有用：

RUN apk update
RUN apk add make automake gcc g++ subversion python3-dev

【讨论】：

对于任何使用 docker python3 alpine 映像的人，这就是解决方案。
我首先需要apk update，否则我会收到ERROR: unsatisfiable constraints 消息。
非常感谢！
这也是docker python2 alpine镜像的解决方案。
我能够在 alpine 上使用 numpy/nmslib 仅使用 gcc g++ make python3-dev 进行此操作。这个特定问题的原因似乎是缺少 c++ 编译器 g++（它看起来已经安装了 gcc 和 make 的错误）。 numpy 构建的其他重要部分是 python3-dev 附带的 python3 标头。

【解决方案5】：

在 Fedora 22 上，通过更新 pip 本身解决了这个问题： sudo pip install --upgrade pip

【讨论】：

同样的解决方案适用于 Big Sur 上的 MacOS 问题

【解决方案6】：

如果您运行的是 linux 发行版，则可能需要 C 编译器，尤其是当您看到像 sh: gcc: command not found 这样的日志行时。你可以按照here 的说明进行操作，我总结如下：

Fedora、Red Hat、CentOS 或 Scientific Linux

# yum groupinstall 'Development Tools'
Debian 或 Ubuntu Linux

$ sudo apt-get update $ sudo apt-get install build-essential manpages-dev

然后你可以尝试重新运行：

sudo pip install numpy

【讨论】：

【解决方案7】：

对于遇到类似问题的 Fedora 用户，请尝试安装这些软件包：

（如果不使用 python3 则使用 python-devel 和 pip 而不是 pip3）

sudo dnf install python3-devel
sudo dnf install make automake gcc gcc-c++ gcc-gfortran
sudo dnf install redhat-rpm-config
sudo dnf install subversion

那就试试

sudo pip3 install numpy

【讨论】：

【解决方案8】：

这意味着它找不到您的 C 编译器。如果链接其他编译器失败，请尝试安装 gcc 编译器。

【讨论】：

【解决方案9】：

在某些情况下，OS X 升级 XCode 后，XCode 会要求用户（具有管理权限）接受新的许可证。在许可证被接受之前，clang 和 gcc 在尝试编译和链接代码时会发出错误。或者至少是 python 包。

如果您启动 XCode 并接受许可，错误将不再出现。

至少，我是这样的。

【讨论】：

【解决方案10】：

我只需要打开 XCode 并接受协议并让它安装工具。然后我回到 PyCharm 并再次安装 numpy，没有任何问题。

【讨论】：

【解决方案11】：

问题是你无法编译。

首先，确保您已接受 Xcode 的新条款和条件。为此，只需打开 xCode 并接受。

然后，尝试使用

安装 gcc

brew install gcc

最后，尝试用

安装 Numpy

pip install numpy

希望这会有所帮助。

【讨论】：

这对我有用。问题是我没有打开 xcode 并接受条款和条件。
对于那些运行 Big Sur Beta 的用户：(1) 下载并安装 Command Line Tools for Xcode 12.2 beta 3 (2) 在终端类型 sudo xcode-select --switch /Library/Developer/CommandLineTools (3) brew install gcc (4) @ 987654326@

【解决方案12】：

以上方法仅在安装 python3-dev 后对我有用。

【讨论】：

【解决方案13】：

虽然丑陋，但似乎可以工作

sudo ARCHFLAGS=-Wno-error=unused-command-line-argument-hard-error-in-future pip install --upgrade numpy

请注意，如果您对 numpy 以外的包（例如 lxml）收到此错误，请在命令末尾指定该包名称而不是 numpy。

我看到有人在安装 gem 时遇到了类似的问题

Ruby Gem install Json fails on Mavericks and Xcode 5.1 - unknown argument: '-multiply_definedsuppress'

这只是一个临时修复，在某些时候必须修复编译器选项

【讨论】：

@Ben：FWIW，我有同样的问题（不使用 brew）。它是在将 Xcode 更新到 5.1 后出现的。不管多么丑陋，这似乎是答案（目前）。
XCode 5.1 release notes中有解释。
Yosemite 下最新的 Xcode 还需要unused-command-line-argument-hard-error-in-future 吗？没有它，一切似乎都有效（至少对于我已经厌倦的包裹）。
有人有windows解决方案吗？

【解决方案14】：

如果您不想使用 sudo（因此在使用 venv 时会保留权限和类似的东西），您可以将 ARCHFLAGS 声明添加到您的 .bash_profile 中，然后正常运行。这在 Mavericks 和 Xcode 5.1 中使用 venv 对我有用：

在 ~/.bash_profile:

export ARCHFLAGS=-Wno-error=unused-command-line-argument-hard-error-in-future

然后，只需运行命令：

pip install --upgrade numpy

【讨论】：

上面的sudo 用于系统范围的安装，可以在没有virtualenv 的情况下运行