Python 找不到用 pip 安装的包

Question

在 Mac 上，尝试安装 Python 3.6。

Sams-MacBook-Pro:~ samgreenberg$ which pip3
/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/bin/pip3
Sams-MacBook-Pro:~ samgreenberg$ which python3
/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/bin/python3

然后

Sams-MacBook-Pro:~ samgreenberg$ pip3 list
DEPRECATION: The default format will switch to columns in the future. 

You can use --format=(legacy|columns) (or define a format=(legacy|columns) in your pip.conf under the [list] section) to disable this warning.
biopython (1.70)
certifi (2017.7.27.1)
chardet (3.0.4)
cycler (0.10.0)
decorator (4.1.2)
idna (2.6)
ipython-genutils (0.2.0)
jsonschema (2.6.0)
jupyter-core (4.3.0)
matplotlib (2.0.2)
nbformat (4.4.0)
numpy (1.13.1)
olefile (0.44)
Pillow (4.3.0)
pip (9.0.1)
plotly (2.0.15)
pyparsing (2.2.0)
python-dateutil (2.6.1)
pytz (2017.2)
requests (2.18.4)
setuptools (28.8.0)
six (1.10.0)
traitlets (4.3.2)
urllib3 (1.22)

所以 biopython 好像已经安装了

Sams-MacBook-Pro:~ samgreenberg$ python3 -m pip install biopython
Requirement already satisfied: biopython in /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/python3.6/site-packages
Requirement already satisfied: numpy in /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/python3.6/site-packages (from biopython)

确定安装。

Sams-MacBook-Pro:~ samgreenberg$ python3
Python 3.6.2 (v3.6.2:5fd33b5926, Jul 16 2017, 20:11:06) 
[GCC 4.2.1 (Apple Inc. build 5666) (dot 3)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import urllib3
>>> import biopython
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
ModuleNotFoundError: No module named 'biopython'
>>> 

urllib3 有效，但不是新安装的软件包。使用 pip 卸载并重新安装没有效果，当我尝试使用其他随机包时结果相同。我究竟做错了什么？我对 Python 或 OSX 不是特别有经验。我的电脑预装了 Python 2.7，但我在命令中小心地使用了 Python3。

Answer 1

我们在使用一些python模块的时候，一般会写成>>> import module。例如，>>> import urllib3。但是，包括 biopython 在内的一些软件包不在此规则范围内。您尝试输入>>> import Bio 和>>> print(Bio.__version__)。请在http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html查看更多详细信息。

--原始答案--

请尝试输入以下脚本：

>>import sys
>>print(sys.path)

我认为只有/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/python3.6/site-packages的模块路径不是python2。

如果您想暂时解决此问题，请使用以下方法：

>>sys.path.append("/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/python3.6/site-packages")

如果您总是使用 python3，请在 ~/.bash_profile 中定义 PYTHONPATH 并重新启动终端：

PYTHONPATH=/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/python3.6/site-packages:$PYTHONPATH