在 Python 和 Ubuntu 中调用命令行工具

Question

我想把我为 Windows 编写的一些 GUI 程序带到 Ubuntu 软件中心。我正在使用几个外部命令行工具，我用它们调用

os.system(cmd)

不，我想知道如何在 Linux (Ubuntu) 下做到这一点。我必须使用哪个相应的文件？在 Windows 中，该工具只能在我的程序的文件夹中访问，但未安装，它在 Linux 上的工作方式是否相同？

我需要的工具都是生物信息学的，primer3，blast，bowtie。

非常感谢任何帮助！

Answer 1

在 Linux 上，您通常打包您的应用程序，以便可以使用系统包管理器安装它们（例如，.deb 文件用于基于 Debian 的发行版，包括 Ubuntu，.rpm 用于 RedHat）。您想要执行此操作的一个原因（其中一个）是依赖管理——您可以告诉包中的包管理器它依赖于哪些其他包，以便在不依赖的情况下安装它们。您可以使用 setuptools 来执行此操作，这方面有很多资源。在这种情况下，您可以期望在系统范围内安装命令行工具，并且可以从您的应用程序中调用它们。

如果无法做到这一点，您甚至可以包含所需工具的源代码，并为用户提供如何编译它们的说明（如有必要，在您的应用程序目录中）。对于大多数现代发行版，这是一个相当轻松的过程，但并不是最佳实践。

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另一个注意事项：os.system 正在阻塞，它产生一个新进程并等待它退出。您无法轻松获取 stdout 或 stderr 输出或与之交互。您应该查看 subprocess 模块（它是 Python 标准库的一部分）或 envoy（第 3 方模块），它为子进程模块提供了一个简化且（可以说）更强大的接口。

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