单引号内的单引号问题 - Bash 命令行 GNU 并行答案

【问题标题】：Single quotes within single quotes issue - Bash command line GNU parallel单引号内的单引号问题 - Bash 命令行 GNU 并行
【发布时间】：2015-04-12 01:33:57
【问题描述】：

我是 Bash 命令行使用的新手，需要知道在现有单引号中使用单引号的正确语法。

ls *file.fa | parallel -j4 'perl -pe 's/^>/>{}/' {} >newfile_{}'

我知道 GNU 并行命令并不是特别为人所知或使用的，但我认为对于需要单引号内的单引号的不同命令，语法不会有所不同。该命令是在名为 file.fa 的文件中将 > 更改为 >file.fa（> 然后是文件名），其中 {} 合并了从 ls *file.fa 部分通过管道传输的文件。

非常感谢任何帮助

【问题讨论】：

试试'perl -pe "s/^>/>{}/" {} >newfile_{}'
Using single quotes with echo in bash 的可能重复项
单引号不嵌套。开始你的sed 命令的单引号实际上是关闭以'perl 开头的字符串，等等。要么像@AvinashRaj 建议的那样交换引号，要么使用'\'' 来“转义”内部单引号。
非常感谢 - 用一对单引号代替双引号工作
还值得注意的是，现代 GNU xargs（带有-P）具有足够的功能，通常使 GNU 并行的混乱变得不必要。

标签： regex bash command-line quotes gnu-parallel

【解决方案1】：

在 GNU Parallel 中引用是一门黑色艺术。手册中有一整节专门介绍它：http://www.gnu.org/software/parallel/man.html#QUOTING

结论：为避免处理引用问题，编写一个小脚本或一个函数（记得导出 -f 函数）并让 GNU 并行可能更容易strong> 叫它。

在这种情况下，我会写一个函数：

fasta_namer() {
  NAME=$1
  perl -pe "s/^>/>$NAME/" "$NAME" >newfile_"$NAME"
}
export -t fasta_namer
ls *file.fa | parallel -j4 fasta_namer {}

FASTA 文件名通常并不奇怪，但如果它们是（例如，包含 ' " \ * & / 或其他疯狂的字符），那么这可能会解决它：

fasta_namer() {
  NAME=$1
  PERLQUOTED=$2
  NEWNAME=$3
  perl -pe "s/^>/>$PERLQUOTED/" "$NAME" >"$NEWNAME"
}
export -t fasta_namer
ls *file.fa | parallel -j4 fasta_namer {} '{=$_=quotemeta($_)=}' {.}.new.fa

【讨论】：