perl系统调用不是随机执行的

Question

在 perl 脚本的循环结构中，我编写了以下几行来使用系统工具解析文本文件，在此过程中生成临时文本文件，然后将临时输出读入数组以在 perl 脚本中进行处理：

system("awk '(NR+2)%4==0' $infile[$i+$j] | tre-agrep -ns -E $dist[$a][$b] -k $query[$a][$b] | awk 'BEGIN{FS=\":\";OFS=\":\"}{print \$1,\$2}' > $outfile");
open(my $FH, "<", $outfile) || die "Can't open $outfile: $!";
while(<$FH>) {
  ...
}
close($FH);

这些命令几乎逐字重复两次（修改了一些参数，但回收了文件句柄）在一个循环结构中，该循环结构本身被迭代了很多次。出乎意料且看似武断，程序有时无法完成系统调用，导致依赖于系统调用生成的输出的后续行依次失败，从而触发脚本中止并显示相当无用的错误消息“没有这样的文件或目录”（参考open 语句）。直接从控制台而不是在 perl 脚本的上下文中执行相同的系统调用表明该命令产生了预期的输出。我将此行为称为任意行为，因为有时我的脚本会完成 1 到 3 次迭代，然后在 open 行失败，并且不同成功的基础尚不清楚。当脚本正常工作时，系统调用需要相当长的时间（大约 2 分钟），而当它失败时，程序会在不到一秒的时间内移动到下面的 open 行。因此，我想弄清楚为什么有时会跳过系统调用。

脚本在 bash shell 会话中运行，脚本头中包含以下内容：

#! /usr/bin/perl
use warnings;
use strict;

Answer 1

我基本上同意@ThisSuitIsBlackNot。但是，不知道tre-agrep 是什么，很难将那部分直接翻译成Perl。

也就是说，至少，为什么不跳过输出文件的生成，直接从 Perl 读取 Unix 输出？

open my $FH, '-|', "awk '(NR+2)%4==0' $infile[$i+$j] | " .
    "tre-agrep -ns -E $dist[$a][$b] -k $query[$a][$b]" or die "$!";
while (<$FH>) {
  chomp;
  my ($field1, $field2) = split /:/, $_, 2;
}
close $FH;

在最坏的情况下，系统调用的标准输出会是空白的，但这不会影响 Perl 什么都不读取（因此什么也不做）的能力。

当然，首先执行 -e（存在）调用以确保 infile[$i + $j] 不是幽灵并没有什么坏处。