相同的 R 函数在全局环境中用作函数/对象，从 R 包加载时不起作用答案

【问题标题】：Same R function works as function/object in Global Env, does not work when loaded from R package相同的 R 函数在全局环境中用作函数/对象，从 R 包加载时不起作用
【发布时间】：2016-12-08 16:54:15
【问题描述】：

这可能是一个很难回答的问题，因为如果不向 Gmail API 提供访问令牌，我就无法轻松提供可重现的 SNAFU，但我希望我遇到的问题从我的描述中可以清楚地看出.我们拭目以待……

我编写了一个函数，该函数获取 Google Scholar Alert 的 gmail 消息 ID，并将其解析为一个数据框，其中包含文章标题、作者、出版物、日期等列。我的难题是相同的代码在我以交互方式加载它（即，将函数加载到会话 RAM 中，当我将函数作为 R 包的一部分加载时（a la 'devtools:: load_all("/mypackage/")')。值得注意的是，我的包中的另一个主要功能无论哪种方式都可以正常工作，但是当我通过 devtools::load_all("my_misbehave_package/") 加载包后尝试从包版本中使用它时，这个功能会出错。

以下是函数的 .R 文件内容，该函数在作为包的一部分加载时不会出现 - 我在此提前承认这是一些丑陋的代码混乱，如果这样可以节省我的手指在你的答案中摇摆不定。这感觉就像经典的“作为因素的字符串”SNAFU 的软件包版本，但你告诉我。问题似乎在函数评估的早期就出现了，我得到的错误如下：

UseMethod("read_xml") 中的错误： 'read_xml' 没有适用的方法应用于“NULL”类的对象

这是我这个函数的完整代码：

library(stringr)
library(rvest)
library(plyr)
library(dplyr)
library(lubridate)
library(gmailr)

GScholar_alert_msg_to_df <- function(message_id){
     one_message <- message(message_id)
     msg_html <- body(one_message)
     title <- read_html(msg_html) %>% html_nodes("h3") %>% html_text()
     link <- read_html(msg_html) %>% html_nodes("h3 a") %>% html_attr("href")
     msg_chunks <- msg_html %>% str_split("<a href") %>% unlist
     msg_chunks <- msg_chunks[2:(length(msg_chunks)-2)]
     excerpt <- msg_chunks %>% str_replace_all(fixed("<b>"), "") %>%
          str_replace_all(fixed("</b>"), "") %>%
          str_replace_all(fixed("<br>"), "") %>%
          str_extract("<(font size=2 color=#222222|font size=\"-1\")>(.*?)</font>") %>%
          unlist %>% str_replace_all("<(font size=2 color=#222222||font size=\"-1\")>", "") %>%
          str_replace_all("</font>", "")
     author_pub_field <- msg_chunks %>% str_replace_all(fixed("<b>"), "") %>%
     str_replace_all(fixed("</b>"), "") %>%
     str_extract("<font size=(2|\"-1\") color=#(006621|009933|008000)>(.*?)</font>") %>%
     unlist %>%
     str_replace_all("<font size=(2|\"-1\") color=#(006621|009933|008000)>", "") %>%
     str_replace_all("</font>", "")
     one_message_df <- data.frame(title, excerpt, link, author_pub_field, stringsAsFactors = FALSE)
     one_message_df$date <- date(one_message) # needs reformatting
     one_message_df$date %>% str_replace("[[:alpha:]]{3}, ", "") %>%
          str_extract("^.{11}") %>% dmy -> one_message_df$date
     one_message_df$author_only <- str_detect(one_message_df$author_pub_field, " - ")
     one_message_df$author <- one_message_df$author_pub_field %>%
          str_extract("^(.*?) - ") %>% str_replace(" - ", "")
     one_message_df$author <- ifelse(one_message_df$author_only == 1, one_message_df$author, one_message_df$author_pub_field)
     one_message_df$publication <- one_message_df$author_pub_field %>%
          str_extract(" - (.*?)$") %>% str_replace(" - ", "") %>%
          str_replace(", [0-9]{4}$", "") %>% str_replace("^[0-9]{4}$", NA)
     one_message_df$publication <- str_replace(one_message_df$publication, "^[0-9]{4}$", NA)
     one_message_df$author_MIAs <- str_detect(one_message_df$author, "&hellip;")
     one_message_df$author %>% str_replace("&hellip;", " \\.\\.\\.") ->      one_message_df$author
     one_message_df$pub_name_clipped <- one_message_df$publication %>% str_detect("&hellip;")
     one_message_df$publication %>% str_replace("&hellip;", " \\.\\.\\.") -> one_message_df$publication
     return(one_message_df)

是的，它很难看，但我再次保证它在以交互方式输入代码时有效。至于行为不端的包版本，根据 RStudio 回溯，错误似乎发生在顶部，我认为我在 gmailr 包中使用的 body() 或 message() 函数。（是的，我已经通过终端尝试了代码，但没有得到更愉快的结论。）帮助我，哦，任何人，你是我唯一的希望。

【问题讨论】：

你是如何创建你的包的？ NAMESPACE 文件中有什么？您是否将所有这些包都列为“导入”？
@MrFlick 我使用下拉菜单中的“新项目...”选项从 RStudio 中启动了包。我什至没有打开 NAMESPACE 文件，所以它只有一个通用的正则表达式行。我在包的 .R 文件之一的顶部有该包列表，因此当我加载包时它们会加载。
您不应该在包的代码中包含 library() 语句。您应该以不同的方式设置 NAMESPACE。也许结帐writing R packages。你也不能减少这个例子以使其最小化可重现吗？究竟是哪一行导致了错误（删除任何与错误没有直接关系的行）？
我知道打包代码中的 library() 语句是一个禁忌，但直到现在还没有遇到过问题，所以如果它是我自己使用的包，我没有看到它的危害。我会正确地做到这一点并报告它是否解决了问题。 // 我看不出如何为此提供可重现的代码，因为它依赖于拥有 client_id.json 文件来访问 Gmail API。

标签： r scope package environment-variables packages

【解决方案1】：

感谢@MrFlick 指出走出困境的方法。我能够通过将该包列表移动到说明文件的“依赖”字段来解决问题，而且我还必须使用“::”运算符来显式调用“正文”和“日期”函数来自 gmailr 包。这两个名称也属于非标准函数，它们是“基本”命名空间的一部分，并且不能通过在包环境中加载 gmailr 来掩盖它们。根据 Hadley 的说法，当我编写自己的包时，每次使用另一个包中的函数时，我都应该使用 '::'。

【讨论】：