在 Unix 命令行中使用变量答案

【问题标题】：Use of variable in Unix command line在 Unix 命令行中使用变量
【发布时间】：2017-02-09 03:36:56
【问题描述】：

我正在努力让自己的生活更轻松一点，但它还没有奏效。我正在尝试做的是以下内容：

注意：我在 unix 服务器上运行 R，因为我的脚本的其余部分在 R 中。这就是为什么有 system(" ")

system("TRAIT=some_trait")

system("grep var.resid.anim rep_model_$TRAIT.out > res_var_anim_$TRAIT'.xout'",wait=T)

当我在 putty 中运行完全相同的东西时（当然没有 system(" ")），就会读取正确的文件并创建正确的输出。当我只删除我创建的变量时，该脚本也可以工作。但是，我需要多次这样做，所以一个变量对我来说很方便，但我无法让它工作。

【问题讨论】：

标签： r unix environment-variables

【解决方案1】：

此代码在控制台上不打印任何内容。

system("xxx=foo")
system("echo $xxx")

但以下是。

system("xxx=foo; echo $xxx")

一旦你完成对“system”的调用，系统就会忘记你的变量定义。

在你的情况下，如何尝试：

system("TRAIT=some_trait; grep var.resid.anim rep_model_$TRAIT.out > res_var_anim_$TRAIT'.xout'",wait=T)

【讨论】：

【解决方案2】：

你可以把这一切都保存在 R 中：

grep_trait <- function(search_for, in_trait, out_trait=in_trait) {
  l <- readLines(sprintf("rep_model_%s.out", in_trait))
  l <- grep(search_for, l, value=TRUE) %>% 
  writeLines(l, sprintf("res_var_anim_%s.xout", out_trait))
}

grep_trait("var.resid.anim", "haptoglobin")

如果担心文件首先被读入内存（即如果它们是大文件），那么：

grep_trait <- function(search_for, in_trait, out_trait=in_trait) {
  fin <- file(sprintf("rep_model_%s.out", in_trait), "r")
  fout <- file(sprintf("res_var_anim_%s.xout", out_trait), "w")
  repeat {
    l <- readLines(fin, 1)
    if (length(l) == 0) break;
    if (grepl(search_for, l)[1]) writeLines(l, fout)
  }
  close(fin)
  close(fout)
}

【讨论】：