MySQL服务器在delayed_job任务中消失了错误

Question

我正在尝试调试由于Mysql2::Error: MySQL server has gone away 错误而导致delayed_job 进程在某些情况下死亡的场景。

我的设置有点复杂，但我尝试将其简化为基础。 ClustalwFlowTask 类中的run 方法作为后台作业处理。它基本上运行一个clustalw2 命令（一个对DNA和蛋白质进行多序列比对的程序）

命令的详细信息和执行过程中发生的任何错误都应记录在 flow_tasks 表中，并且不会被延迟作业捕获（请参阅update_attribute 语句）。

require 'open3'
class ClustalwFlowTask < FlowTask

  def run
    # setup code ------

    # fasta is a file object
    cmd = "clustalw2 -INFILE=#{fasta.path}"

    Rails.logger.info "[INFO #{Time.now}] #{self} running #{cmd}"
    #update_attribute(:command, cmd)

    raw_stdin,  raw_stdout, raw_stderr = Open3.popen3(cmd)

    Rails.logger.info "*********** RAW STDERR: #{raw_stderr} ************"

    stdin, stdout, stderr = [raw_stdin,  raw_stdout, raw_stderr].map do |io|
      s = io.read.strip rescue nil
      io.close
      s
    end

    Rails.logger.info "*************** #{stderr} *******************"
    unless stderr.blank?
      Rails.logger.info "============  THERE IS AN ERROR  ============"
      #update_attribute(:error, stderr)
      return false
    end

    # more code here -----
end

当用户没有安装 clustalw2 二进制文件时，奇怪的行为开始了，也就是说，如果方法中的 stderr 变量不为空。请注意，我在调试期间取消了 #run 方法中的所有 update_attribute 语句的注释，因此没有明显的 MySQL 参与。 （我的第一个预感是 stderr 消息太大或包含导致 MySQL 服务器关闭的内容，但似乎并非如此）

delayed_job 日志包含以下内容：

2012-03-26T09:19:25-0700: [Worker(delayed_job host:JadeDragon.local pid:8998)] ClustalwFlowTask failed with ActiveRecord::StatementInvalid: Mysql2::Error: closed MySQL connection: DELETE FROM `delayed_jobs` WHERE `delayed_jobs`.`id` = 107 - 0 failed attempts

这里似乎发生的是，delayed_job 试图从数据库中删除一个成功的任务，但由于 mysql 连接已被切断而无法这样做。这发生在ClustalwFlowTask#run 代码中的return false 语句之后，因为那是根据delayed_job 成功完成任务的时间。

开发日志是这样的：

================  THERE IS AN ERROR  ================
   (0.5ms)  BEGIN
Mysql2::Error: MySQL server has gone away: BEGIN
  SQL (0.2ms)  DELETE FROM `delayed_jobs` WHERE `delayed_jobs`.`id` = 110
Mysql2::Error: closed MySQL connection: DELETE FROM `delayed_jobs` WHERE `delayed_jobs`.`id` = 110
   (0.1ms)  ROLLBACK
Mysql2::Error: closed MySQL connection: ROLLBACK
   (0.1ms)  BEGIN
Mysql2::Error: closed MySQL connection: BEGIN
   (0.1ms)  ROLLBACK
Mysql2::Error: closed MySQL connection: ROLLBACK
closed MySQL connection

我对如何调试这个问题没有任何想法，因此我们将不胜感激。

Answer 1

尝试将reconnect: true 添加到您的database.yml