你能让 Nextflow DAG 可视化变得漂亮吗？

Question

Nextflow 允许高效地制作复杂的管道。有些人只能从视觉上理解事物，因此制作良好的图形表示很重要。在 nextflow 中这样做的方法是使用 -with-dag 命令：

nextflow run <script-name> -with-dag flowchart.png

但是，输出看起来很糟糕并且没有任何专业的氛围：

我想知道是否有任何方法可以改进它，例如获取源代码并上传到一些不同的可视化程序上。随便。

Answer 1

使用DOT格式输出和Graphviz

tl;dr: 使用不带文件名的 -with-dag 标志并使用 Graphviz 呈现生成的 dag.dot 文件。

Graphvis 是专门为可视化这些图形而构建的软件包。 Nextflow 的DAG visualization option 默认会输出DOT format 表示。不要指定-with-dag flowchart.png，而是使用裸标志-with-dag 发出dag.dot 或使用.dot 扩展名指定您选择的文件名。将点文件渲染到可视化是other questions 和documentation 的主题。